应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 怎么计算离解能？
141/2返回列表12下一页
查看: 1768  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shenailin

木虫 (正式写手)

[求助] 怎么计算离解能？

想要计算胞嘧啶AT碱基对质子化后的结构ATH+的离解能（dissociation energy)。用De=E(AT)-E(AH+)-E(T)对吗？如果对的话，需要求的三个能量都是优化得到的吗？
还是后面两个能量只需计算单点能？因为我在优化过程中AH+结构变化会很大（H+移到了另外的原子上），请高手指教？多谢您！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-04-28 08:32:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+1): 2011-04-28 14:11:18
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:17:49
BDE的论文那么多，随便看两篇就会了
赞一下(1人) 回复此楼
to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
2楼2011-04-28 09:37:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+5): 2011-04-28 14:11:50
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:17:55
简单的相加相减 然后具体的优化可以用一部分固定 来得到相应的能量
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-28 11:29:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hexinchem at 2011-04-28 11:29:11:
简单的相加相减 然后具体的优化可以用一部分固定 来得到相应的能量

意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-28 14:16:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenailin

木虫 (正式写手)
问题太简单了吗？没人回答我啊？那位高手指点一下吧！
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-28 14:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shenailin(金币+1): 2011-04-28 15:21:59
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:18
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:18:07
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 14:16:01:
意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？

如果你的分子大，建议用合理的方法和基组，先用小的预优化，再用大的，
如果涉及氢键，建议多用几种比较
键解离能和键解离焓差不多，具体你看看硕博论文，很有启发的
赞一下(2人) 回复此楼
to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
6楼2011-04-28 14:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 奔鲨 at 2011-04-28 14:40:00:
如果你的分子大，建议用合理的方法和基组，先用小的预优化，再用大的，
如果涉及氢键，建议多用几种比较
键解离能和键解离焓差不多，具体你看看硕博论文，很有启发的

我的整个体系都用同样的方法计算完了，到离解能分析这，一优化单个结构就发生形变。楼主越说我越迷惑了！
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-28 15:26:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shenailin(金币+3): 2011-04-28 17:19:08
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:43
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:18:17
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 15:26:12:
我的整个体系都用同样的方法计算完了，到离解能分析这，一优化单个结构就发生形变。楼主越说我越迷惑了！

形变很正常啊，分子变成自由基，几何结构是要发生变化的
比如甲烷变成CH3，就变成平面了
理解能就是焓变的差值
赞一下(3人) 回复此楼
to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
8楼2011-04-28 15:31:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+3): 2011-04-28 17:15:15
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:58
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 14:16:01:
意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？

楼上正解，是要优化，几个部分和总体都要优化，同时，计算焓变的差值
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-04-28 16:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hexinchem at 2011-04-28 16:32:50:
楼上正解，是要优化，几个部分和总体都要优化，同时，计算焓变的差值

那对于结构变化问题，必须要固定一些键吗？这样计算出来的能量可靠吗？焓变的差值怎样计算，能说详细一些吗？不好意思刚刚开始做这方面的东西，很无知！每次都是把输出文件中的HF能量提出来进行分析加减。
赞一下 回复此楼
10楼2011-04-28 17:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shenailin 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 17:09 by winsaint
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +11 Kittylucky 2026-08-27 12/600 2026-08-28 16:26 by lyxiaomc
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭