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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较？
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pidou213

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较？

请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较？

期待高人，先谢谢了
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1楼 2011-04-14 15:30:34
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swingman8

金虫 (著名写手)
pidou213(金币+1): 有同感，我也不会分析 2011-04-15 23:00:11
pidou213(金币+1): 2011-08-06 14:10:21
NCBI，用blast寻找相似序列，只能说是相似性比较，用软件构件进化树才能分析同源性，应该是这样，我现在的问题是会画树，不会分析，急死人啊
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2楼2011-04-15 10:17:51
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新人小玥

木虫 (正式写手)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-04-16 23:43:33
pidou213(金币+1): 我也是不会分析 ，还请指教 2011-04-18 18:02:02
用clusterW或clusterX进行多重比对，得到的数据可以用MAGA来做树。
不过听说现在最流行的是用PUMP，目前还不知道怎么用。

上述可以用DNAMAN可以实现哦，不过做出来的图不是很漂亮就是了。MAGA做的比较漂亮。
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3楼2011-04-16 22:55:03
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pidou213

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by swingman8 at 2011-04-15 10:17:51:
NCBI，用blast寻找相似序列，只能说是相似性比较，用软件构件进化树才能分析同源性，应该是这样，我现在的问题是会画树，不会分析，急死人啊

我也是不会分析 ，还请指教
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4楼2011-04-18 18:01:50
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pidou213

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 新人小玥 at 2011-04-16 22:55:03:
用clusterW或clusterX进行多重比对，得到的数据可以用MAGA来做树。
不过听说现在最流行的是用PUMP，目前还不知道怎么用。

上述可以用DNAMAN可以实现哦，不过做出来的图不是很漂亮就是了。MAGA做的比较漂亮。

我也是不会分析 ，还请指教
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5楼2011-04-18 18:02:07
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新人小玥

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): 鼓励交流 2011-04-19 14:09:25
pidou213(金币+2): 说的很详细 2011-04-20 00:35:22
引用回帖:
Originally posted by pidou213 at 2011-04-18 18:02:07:
我也是不会分析 ，还请指教

你可以把需要比对的序列用fasta格式保存在记事本里，然后用clustalW/clustalX的多重比对选项，直接按它默认的算法算算，生成的.dnd格式拿到MAGA里面的phylogeny——display newick tree from file选项中打开。就成了进化树了。可以在里面调整成你想要的表示方法和顺序，另存为就好了。
还有就是用DNAMAN ,  多重比对（画了多条线并横着排列的标志multiple alignment），点了之后，将fasta格式保存的文件打开，选择是DNA还是蛋白质，然后以默认程序运算，出现的界面中选output——tree——最后一个，就有树了。你可以以不同的方式调整，然后输出。

如果还不行，你可以去网上搜搜相关说明书，那里会有比较详细的步骤。
希望能帮到你哈！
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6楼2011-04-19 10:41:17
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wenxu6699

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by swingman8 at 2011-04-15 10:17:51
NCBI，用blast寻找相似序列，只能说是相似性比较，用软件构件进化树才能分析同源性，应该是这样，我现在的问题是会画树，不会分析，急死人啊

请问你做进化树时怎么选择序列啊
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7楼2013-12-02 14:29:24
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zg939427605

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wenxu6699 at 2013-12-02 14:29:24
请问你做进化树时怎么选择序列啊...

blast
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8楼2015-09-15 18:57:33
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