你可以把需要比对的序列用fasta格式保存在记事本里，然后用clustalW/clustalX的多重比对选项，直接按它默认的算法算算，生成的.dnd格式拿到MAGA里面的phylogeny——display newick tree from file选项中打开。就成了进化树了。可以在里面调整成你想要的表示方法和顺序，另存为就好了。
还有就是用DNAMAN , 多重比对（画了多条线并横着排列的标志multiple alignment），点了之后，将fasta格式保存的文件打开，选择是DNA还是蛋白质，然后以默认程序运算，出现的界面中选output——tree——最后一个，就有树了。你可以以不同的方式调整，然后输出。
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