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brightfuture01木虫之王 (文坛精英)
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【原创】原创之七：【图文】系统进化树的构建及编辑【已搜索无重复】
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系统发育树的构建及其后期编辑 又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。索性就做一个图文的帖子，方便大家。纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。要问的话，送一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。 1) FASTA 格式序列文本 FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以 >开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。编辑后的序列见下图：  2) Clustal X进行多序列比对 下载此软件，解压之后直接用。解压图如下：  点击第一行最后一个图标，然后点击file，load sequence，选择正确路径。加载进来的序列如下图：  点击比对，进行完全比对。这时会弹出一个对话框，如下：  这时将路径改为桌面，点击对齐进行全序列比对，序列较多的话可能需要点时间。比对后的结果如下图 (注意区别)：  然后注意桌面上多了两个文件，一个是dnd格式的，一个是aln格式的。Aln格式的文件将用来进行后续工作。关掉clustalX窗口即可。 3) aln 格式转化为MEG格式 打开MEGA4.0，点击file，convert to MEGA format，出现如下对话框：  选择路径，将aln格式文档加载进来，点击OK，出现下图：  点击保存，会发现在桌面上又多了一个文档，看其属性会发现是MEG格式的，OK。 4) MEG文档的激活 关掉这些窗口，回到MEGA刚打开时的样子，将刚生成的那个MEG文档用拖拽的方式拖进MEGA4.0，这时会出现如下对话框：  废话一句：核酸序列比对选核酸序列，氨基酸序列比对选氨基酸序列。点击OK，出现如下：  关掉这个界面，此时该MEG文档已被激活，处于待用状态，如下 (可以和MEGA初始界面做下对比)：  5) 开始建树(NJ tree) 原理不讲了，此处以构建NJ树为例。点击工具栏上的phylogeny，construct phylogeny，neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：  点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：  选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。对于蛋白质的序列，多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。而对于核酸序列，多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：  可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。 6)树的修饰 建好树之后，往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。点击image，copy to clipboard。新建一个word文档，选择粘贴。见下图：  在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。见下图：  这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：  将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：  此时，点击 工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：  选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：  点击确定，出现下图 (把空边切掉了)：  点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择 TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：  OK，结束了，自己玩一把吧。 我的其他原创帖： 【原创】原创之六：环境样品总DNA的提取与纯化【已搜索无重复】 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3024619 【原创】原创之五：文献检索及信息筛选（上）【已搜索无重复】 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2950724 【原创】原创之四：关于16S rRNA，我的一点看法【已搜索无重复】 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2787431 【原创】Current microbiology 文章的实验设计及投稿经验总结 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2780804 【原创】图文—science注册免费下载过刊（呵呵，知道的虫友跳过） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2711562 【原创】【已搜索无重复】普通PCR产物克隆的基本过程【适合新手】 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2748519 [ Last edited by brightfuture01 on 2011-4-13 at 00:36 ] |
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14楼2011-04-13 10:27:28
brightfuture01
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