| 查看: 1838 | 回复: 11 | ||||
| 本帖产生 2 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
轻风龙骑士新虫 (初入文坛)
|
[交流]
【求助】siesta 做NOSE动力学出错，请高手指教 已有4人参与
|
|||
| 在做nose的温控动力学的时候，我设置的初始和目标温度分别是2700K和2600K，做降温的动力学模拟，但是我的systemlable.MDE文件中怎么显示的每一步的温度有问题啊：在第三步的时候就已经到了2620K左右，之后温度更低最低只有1400K左右，然后又开始升高，最高高达3000K以上，这是为什么？是不是我那个参数错了，请高手指教 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 siesta问题 |
» 猜你喜欢
0703化学求调剂
已经有17人回复
-
考研调剂-材料类-284
已经有15人回复
-
一志愿211 0703化学 346分求调剂
已经有3人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有24人回复
-
085404 293求调剂
已经有3人回复
-
调剂
已经有21人回复
-
复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分
已经有15人回复
-
08工科求调剂290分
已经有12人回复
-
286求调剂
已经有16人回复
-
材料类284调剂
已经有24人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助莱克多巴胺的动力学特征
已经有5人回复
- 麻烦哪位高手帮忙翻译一下，后半段实在是搞不懂，我急着做PPT的，谢谢了。
已经有1人回复
- 请问考博调剂的事，过来的前辈请指教！！1!
已经有26人回复
- 出错 warning#2 #180
已经有7人回复
- 请教高手指点迷津－固体磷核磁表征固体酸酸强度
已经有5人回复
- 关于Discover动力学计算的一个问题
已经有26人回复
- 请教：orca 中用CCSD(T)计算单点能出错--提示内存不足 该怎么办？
已经有10人回复
- 请教：管式积分反应器做动力学时，反应速率如何计算？
已经有10人回复
- 原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错
已经有13人回复
- 【求助】siesta进行ordern计算出错求助
已经有4人回复
- 【求助】谁做ZSM-5分子筛，请高手指教
已经有24人回复
- 【求助】安装siesta3.0出错：segmentation violation signal raised。请高手指教
已经有8人回复
- 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教
已经有4人回复
wangsong1016
铜虫 (初入文坛)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 169
- 散金: 4
- 帖子: 45
- 在线: 26.3小时
- 虫号: 408613
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 物理
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-02 19:56:53
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-02 19:56:53
|
我没有用过nose模块，不过我在用verletMD计算时出现过类似的温度起伏，甚至是剧烈起伏的问题。 我想可能有如下的原因给你参考。 首先宏观体系的温度就如二楼所说是个统计平均值，实际上是对分子热运动的一个平均描述。 到了微观层次，按照能量均分定理，每个原子，每个自由度能量是1/2kBT,简化考虑就可以采用1/2kBT=1/2mv**2。意思是在一维无转动的情况下，这一个自由度的能量对应于粒子平动的动能。在程序中就是这么计算得到的温度。输出文件中有一个systemlable.XV里面有各个原子不同方向的速度。通过公式就可以把各个速度对应的能量转化为温度。 你在输入文件中给定了初始的温度，程序就给各个原子不同的速度让其震动起来。但是原子一旦发生震动，势能必然变化，那么各个原子的动能（速度）也随之变化，因为总能量要保持守恒。这样就导致了体系温度的变化。这种涨落是不可避免的，不算是错误，但是可能与我们想要的所谓恒定温度情况有较大的偏差。 |
4楼2011-04-16 22:25:16
gavinliu7390
木虫 (著名写手)
叶落鹰飞
- 1ST强帖: 3
- 应助: 51 (初中生)
- 贵宾: 0.481
- 金币: 1564.7
- 散金: 2975
- 红花: 34
- 帖子: 1278
- 在线: 241.4小时
- 虫号: 675997
- 注册: 2008-12-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2011-04-12 23:19:52
轻风龙骑士
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 393.8
- 帖子: 46
- 在线: 48小时
- 虫号: 947650
- 注册: 2010-01-24
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2011-04-13 12:52:16
轻风龙骑士
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 393.8
- 帖子: 46
- 在线: 48小时
- 虫号: 947650
- 注册: 2010-01-24
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2011-05-02 14:59:18
