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memgr

铜虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】怎么建立聚合物链

我是用gromacs做聚合物的,单链pdb是从ms导入prodrg生成的,但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40,但是我还想做更长的聚合物链,这样应该怎么办呢,大家有什么好的办法吗,谢谢
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)


memgr(金币+1): 2011-04-13 09:26:21
use  MS
2楼2011-04-12 20:50:36
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ruthxu

金虫 (正式写手)


★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:39
memgr(金币+19): 2011-04-13 09:26:28
丫头,有一个单链的pdb文件,你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目(如果计算好了数目,多的不多就手动去掉),然后将残基号,原子名,原子序号做一下处理就行了,当然这样的初始态很随机,可以通过逐步升温的方法跑平。
3楼2011-04-12 22:11:49
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memgr

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫头,有一个单链的pdb文件,你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目(如果计算好了数目,多的不多就手动去掉),然后将残基号,原子名,原子序号做一下处理就行了,当然这样的初始态很随机,可以通 ...

谢谢 用genbox?我以为用genconf呢,我用genconf建立后的链都连着,怎么用你说的逐步升温的办法跑平衡呢,在md.mdp中怎么设置呢?谢谢师姐。
4楼2011-04-13 08:59:23
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ruthxu

金虫 (正式写手)


★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
也行的,在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints        = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time           = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp           = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手册,上面有例子
5楼2011-04-13 09:03:45
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memgr

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-13 09:03:45:
也行的,在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for spe ...

奥 好谢谢师姐
6楼2011-04-13 09:24:55
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ruthxu

金虫 (正式写手)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-13 15:52:57
是genconf 我记错了
7楼2011-04-13 10:02:58
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