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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】怎么建立聚合物链
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】怎么建立聚合物链

我是用gromacs做聚合物的，单链pdb是从ms导入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我还想做更长的聚合物链，这样应该怎么办呢，大家有什么好的办法吗，谢谢
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1楼 2011-04-12 17:01:28
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:39
memgr(金币+19): 2011-04-13 09:26:28
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通过逐步升温的方法跑平。
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3楼2011-04-12 22:11:49
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通 ...

谢谢 用genbox？我以为用genconf呢，我用genconf建立后的链都连着，怎么用你说的逐步升温的办法跑平衡呢，在md.mdp中怎么设置呢？谢谢师姐。
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4楼2011-04-13 08:59:23
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints        = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time           = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp           = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手册，上面有例子
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5楼2011-04-13 09:03:45
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-13 09:03:45:
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for spe ...

奥 好谢谢师姐
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6楼2011-04-13 09:24:55
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