应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】怎么建立聚合物链
71/1返回列表
查看: 2333  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】怎么建立聚合物链

我是用gromacs做聚合物的，单链pdb是从ms导入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我还想做更长的聚合物链，这样应该怎么办呢，大家有什么好的办法吗，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-12 17:01:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
memgr(金币+1): 2011-04-13 09:26:21
use  MS
回复此楼
2楼2011-04-12 20:50:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:39
memgr(金币+19): 2011-04-13 09:26:28
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通过逐步升温的方法跑平。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-12 22:11:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通 ...

谢谢 用genbox？我以为用genconf呢，我用genconf建立后的链都连着，怎么用你说的逐步升温的办法跑平衡呢，在md.mdp中怎么设置呢？谢谢师姐。
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-13 08:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints        = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time           = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp           = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手册，上面有例子
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-13 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-13 09:03:45:
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for spe ...

奥 好谢谢师姐
回复此楼
6楼2011-04-13 09:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-13 15:52:57
是genconf 我记错了
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-13 10:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 memgr 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 还有化工二轮调剂的学校吗 5+13 化工人999 2026-04-09 47/2350 2026-04-11 00:20 by 骑牛渡寒江
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +9 天下ww 2026-04-09 9/450 2026-04-10 22:58 by Ftglcn90
[考研] 求调剂 +9 张番茄不炒蛋 2026-04-10 10/500 2026-04-10 22:07 by 小小虫瓜
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验 +8 相信必会光芒万� 2026-04-07 9/450 2026-04-10 21:03 by zhouxiaoyu
[考研] 346，工科0854求调剂，专硕 +5 moser233 2026-04-10 6/300 2026-04-10 18:04 by 周邵阳
[考研] 机械还有还有名额吗？太难了 +6 笑笑袁 2026-04-10 6/300 2026-04-10 11:54 by 高维春
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +9 babu2015 2026-04-08 9/450 2026-04-10 11:43 by 苏东坡二世
[考研] 22408 352分求调剂0854类 +3 努力的夏末 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:12 by 314126402
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[考研] 一志愿985初试354分生物调剂 +3 031001 2026-04-06 3/150 2026-04-09 00:30 by Evan_Liu
[考研] 材料科学与工程320求调剂，080500 +12 黄瓜味薯片 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:26 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +9 月@163.com 2026-04-07 11/550 2026-04-08 14:48 by qlm5820
[考研] 农学，求调剂，314分 +4 访客记录可爱 2026-04-04 4/200 2026-04-07 21:07 by 等岸
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 295求调剂 +18 xndjjj 2026-04-04 19/950 2026-04-07 11:02 by wangjy2002
[考研] 081200-11408-367学硕求调剂 +4 1_2_3111 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:13 by jp9609
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 一志愿青科085500，初试295分，公共课213分 +3 遇到的人愿望都� 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:45 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭