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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS Amorphous cell 封装聚合物链 有些问题求助
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likang198802

银虫 (小有名气)

[求助] MS Amorphous cell 封装聚合物链 有些问题求助 已有1人参与

最近在封装聚合物链，出现两个问题，请大家指教：
1、用具有15个单体的链封装，本身机器的CPU并没有用到多少，这个是软件本身的问题吗，还是我需要怎么设置一下
2、等待很长时间之后，出来的显示失败，no successful configurations after ring spearing check，这个不知道怎么解决，我目前的想法是可能软件本身封装就有成功或者失败，可能这一次不成功，下次就可以成功，不知对不对
请大家多多指教，谢谢了！
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1楼 2014-04-08 10:45:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
likang198802: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2014-04-09 14:48:33
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-04-10 18:49:15
不知道你的聚合物链是什么

先试试这个看
task——construction
所有quality——coarse
density——0.5-0.8
options——取消optimize geometry——more——取消optimize cell
forcefield选择dreiding、pcff、或者universal

还是不行的话把结构发出来吧
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-04-09 09:26:33
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by likang198802 at 2014-04-09 14:50:31
谢谢您的帮助，应该是我把几何优化也加上的问题，呵呵，昨天自己也发现这个问题了，不过还是谢谢您的指点...

居然蒙对了~~
几何优化的话有更好的forcite或者discover用，amorphous自带的我感觉没什么必要
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-04-09 14:54:50
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普通回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
最好把包含error信息的txt文件也发上来
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-04-09 09:30:25
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likang198802

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 09:26:33
不知道你的聚合物链是什么

先试试这个看
task——construction
所有quality——coarse
density——0.5-0.8
options——取消optimize geometry——more——取消optimize cell
forcefield选择dreiding、pcff、 ...

谢谢您的帮助，应该是我把几何优化也加上的问题，呵呵，昨天自己也发现这个问题了，不过还是谢谢您的指点
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4楼2014-04-09 14:50:31
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likang198802

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 09:26:33
不知道你的聚合物链是什么

先试试这个看
task——construction
所有quality——coarse
density——0.5-0.8
options——取消optimize geometry——more——取消optimize cell
forcefield选择dreiding、pcff、 ...

现在又出现了两个封装的问题，
1、有的是没有原因的就失败了，看结果文件最后是“Discover terminated by signal: software termination signal”,
2、有的点封装任务开始之后，没有多长时间就显示失败，弹出的log显示的两个error和一个warn：error: result file(.....里面的是文件路径) does not exit, 然后是error：files not removed from server due to previous errors,在然后是warn: As instructed,files have been left on remote server,these may need to be manually archived.
第一个问题我看了一下没有成功的封装文件，和需要的是参数差五倍的关系，比如说预定的30A，未成功的文件是150A，有些奇怪
求指教啊
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6楼2014-04-09 15:09:50
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likang198802

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 14:54:50
居然蒙对了~~
几何优化的话有更好的forcite或者discover用，amorphous自带的我感觉没什么必要...

也不知道我想的对不对，我觉得封装的时候把几何优化选上，封装的同时又优化，肯定花很长的时间，如果成功的话，就不必再几何优化了
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7楼2014-04-09 15:13:45
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-10 18:49:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by likang198802 at 2014-04-09 15:09:50
现在又出现了两个封装的问题，
1、有的是没有原因的就失败了，看结果文件最后是“Discover terminated by signal: software termination signal”,
2、有的点封装任务开始之后，没有多长时间就显示失败，弹出的l ...

能不能把
结构
和
需要达到的要求【密度、大致晶胞长】
发一下


无定型晶胞一般定了大致密度之后不会有大问题的【我故意缺个H居然也能建模成功】
特殊的高密度聚合物可能需要forcite设定压力、温度才能达到
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2014-04-09 15:34:07
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likang198802

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 15:34:07
能不能把
结构
和
需要达到的要求【密度、大致晶胞长】
发一下


无定型晶胞一般定了大致密度之后不会有大问题的【我故意缺个H居然也能建模成功】
特殊的高密度聚合物可能需要forcite设定压力、温度才能达 ...

现在在尝试做的是聚酰亚胺（PI），一条链上有十个单体，封装成密度为1.36，封装晶胞最大为60A，
MS Amorphous cell 封装聚合物链 有些问题求助
无标题.jpg
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9楼2014-04-09 16:04:40
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likang198802

银虫 (小有名气)
我这个密度也不算大的
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10楼2014-04-09 16:05:13
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