应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】怎么建立聚合物链
51/1返回列表
查看: 2332  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】怎么建立聚合物链

我是用gromacs做聚合物的，单链pdb是从ms导入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我还想做更长的聚合物链，这样应该怎么办呢，大家有什么好的办法吗，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-12 17:01:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-13 09:03:45:
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for spe ...

奥 好谢谢师姐
回复此楼
6楼2011-04-13 09:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:39
memgr(金币+19): 2011-04-13 09:26:28
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通过逐步升温的方法跑平。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-12 22:11:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通 ...

谢谢 用genbox？我以为用genconf呢，我用genconf建立后的链都连着，怎么用你说的逐步升温的办法跑平衡呢，在md.mdp中怎么设置呢？谢谢师姐。
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-13 08:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints        = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time           = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp           = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手册，上面有例子
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-13 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +5 Shansyn 2026-04-10 5/250 2026-04-10 22:23 by 猪会飞
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 296求调剂 +12 汪！？！ 2026-04-08 13/650 2026-04-10 12:09 by 汪！？！
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
[考研] 一志愿中科大070300化学，314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +9 木子念晞 2026-04-05 9/450 2026-04-09 20:04 by vgtyfty
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +24 额cc 2026-04-06 25/1250 2026-04-09 16:01 by wp06
[考研] 086004 求调剂 309 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 13:59 by Delta2012
[考研] 265求调剂 +4 风说她早忘了 2026-04-07 4/200 2026-04-09 13:59 by only周
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
[考研] 081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校 +19 披星河 2026-04-04 19/950 2026-04-07 15:00 by 上岸快快
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 08专硕275调剂 +5 AaAa7420 2026-04-05 5/250 2026-04-05 18:01 by jkddd
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二！！ 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭