应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】怎么建立聚合物链
51/1返回列表
查看: 2309  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】怎么建立聚合物链

我是用gromacs做聚合物的，单链pdb是从ms导入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我还想做更长的聚合物链，这样应该怎么办呢，大家有什么好的办法吗，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-12 17:01:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-13 09:03:45:
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for spe ...

奥 好谢谢师姐
回复此楼
6楼2011-04-13 09:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:39
memgr(金币+19): 2011-04-13 09:26:28
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通过逐步升温的方法跑平。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-12 22:11:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫头，有一个单链的pdb文件，你可以用genbox或者packmol将原子个数堆到你需要的数目（如果计算好了数目，多的不多就手动去掉），然后将残基号，原子名，原子序号做一下处理就行了，当然这样的初始态很随机，可以通 ...

谢谢 用genbox？我以为用genconf呢，我用genconf建立后的链都连着，怎么用你说的逐步升温的办法跑平衡呢，在md.mdp中怎么设置呢？谢谢师姐。
赞一下 回复此楼
4楼2011-04-13 08:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING  
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing                = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints        = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time           = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp           = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手册，上面有例子
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-13 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-21 3/150 2026-03-21 16:37 by macy2011
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 11/550 2026-03-21 15:43 by ColorlessPI
[考研] 306求调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-18 4/200 2026-03-21 08:25 by laoshidan
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +8 niko- 2026-03-19 9/450 2026-03-20 21:57 by luoyongfeng
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +13 曦熙兮 2026-03-15 13/650 2026-03-20 19:35 by Dream007008
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂，科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭