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【讨论】怎么建立聚合物链
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| 我是用gromacs做聚合物的，单链pdb是从ms导入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我还想做更长的聚合物链，这样应该怎么办呢，大家有什么好的办法吗，谢谢 |
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御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-13 09:16:49
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也行的，在mdp文件中有 ; SIMULATED ANNEALING ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic) annealing = single single ; Number of time points to use for specifying annealing in each group annealing_npoints = 6 6 ; List of times at the annealing points for each group annealing_time = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000 ; Temp. at each annealing point, for each group. annealing_temp = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500 看一下手册，上面有例子 |
5楼2011-04-13 09:03:45