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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】实时定量pcr引物设计问题？是否一定要跨内含子！
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zsdk

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】实时定量pcr引物设计问题？是否一定要跨内含子！ 已有3人参与

做qRT-PCR，设计引物时忘了跨内含子，目的片段在编码区，但只是在一个外显子内！现在条件都摸索好了，不想重新设计引物了，并且重新试了下，引物跨最大的内含子，结果软件出来的引物要么不行，要不直接出不来！  如果引物不跨内含子，是不是会有基因组RNA的污染！  我用的是beacon designer7.9设计的
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1楼 2011-04-11 22:06:25
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-04-12 08:29:46
不一定。首先这样子限制很多，经常不能满足。其次，现在的试剂都比较好了，正常操作，一般基因组污染的不多。
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2楼2011-04-11 22:28:02
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新人小玥

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
还好吧，不用那么严谨的。因为好多条件，不能一一满足的。
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3楼2011-04-16 23:12:49
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cyz20050505

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2): 很活跃啊，继续加油啊 2011-04-18 08:14:56
你要不想重新设计也行，只要不怕麻烦，就把RNA拿出来用DNA酶消化完全后，反转录新的cDNA就OK，跨内含子设计主要就是避免混有基因组DNA。
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4楼2011-04-17 22:29:37
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