| 查看: 13649 | 回复: 225 | |||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价198次，作者天鸟增加金币 153.6 个 | |||||||||||
[资源]
【原创】mega建树方法
|
|||||||||||
|
进化树的建立过程 1， 通过测序后，在NCBI中进行BLAST比对，看和哪个属中的种最近，从而确定进化树中需比较的菌种，然后可以在权威的International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology杂志中看最近是否有你要建树的菌的图，从而更捷径的得到典型的建树对比菌株(一般上标为T) 2， 打开MEGA 4在Alignment→Query Databanks→ 在空格处添加建树对比菌的登入号，然后直接点击上头的Add to Alignment 3 添加完对比的后，将自己测序菌株序列导入 如果拿回来后的序列是文本文档，就需要将它转化成fasta格式，其实也就是在文本文档上头加个“>”号就可以，但是序列字母必须是大写的，如果是小写的，可以在DNAman中转化成大写的(或者在EditSeq中的先全选择序列后在edit的reverse case中转变，后如下操作)，并且需每列中的数字去掉，保存为fasta格式后， 在MEGA的Edit→insert sequences to file将保存的fasta文件导入MEMA中，如果导入的序列是互补链的话，直接在添加的里面，点击导入链，右击后点击互补就行，选中所有的序列后，在Alignment选项中选中Align by clustalw让其自动分析后，在Date选项中输出格式选择为MEGA格式保存 4 再一次启动软件将上一步保存的文件打开，然后在 如上图操作就可以得出进化树，然后在上面直接修改 希望大家给予评价，谢谢 [ Last edited by 天鸟 on 2011-4-7 at 11:36 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 生物信息学 | Environstudies | MEGA建立进化树的方法 | 科研方法 |
| 几家欢乐几家愁，奋进ing..... | 肠道微生物多样性 | 微生物生态学 | 微生物 |
| 写论文用 |
» 猜你喜欢
面上项目filecode邪修
已经有6人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有14人回复
-
2026国自然放榜时间
已经有4人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有22人回复
-
这样的filecode谁见过
已经有21人回复
-
filecode与中标关系的预测
已经有5人回复
-
fileCode有新解读？
已经有18人回复
-
关于filecode，很负责任的告诉大家
已经有7人回复
-
【2027博士申请】纳米药物递送方向
已经有5人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MEGA 5.0建MP树
已经有5人回复
- MEGA建树步骤,可以使用基因片段吗？
已经有12人回复
- 我有很多测序的结果，请问怎么建树？？
已经有7人回复
- 求建细菌系统发育树
已经有10人回复
- 用MEGA建树，怎样才能转化.txt到.meg
已经有6人回复
- 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
已经有34人回复
- MEGA 5.0构建系统发育树的问题
已经有10人回复
- mega3.1建树，科学命名怎么斜体啊？
已经有7人回复
- 【原创】本人使用MEGA4.0的小结
已经有153人回复
- 菌株16S rDNA同源性分析方法！！
已经有5人回复
- 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢
已经有8人回复
- 【分享】MEGA4的中文使用说明
已经有4人回复
- 【求助/交流】用MEGA4.0做进化树的问题
已经有14人回复
- 【求助/交流】MEGA4.0的使用
已经有7人回复
- 【求助/交流】16s 构建进化树
已经有8人回复
- 【求助/交流】如何读懂进化树
已经有21人回复
- 【求助/交流】MEGA 画系统发育树中的bootstrap values和Identity scores有什么区别？
已经有22人回复
- 分享分子进化软件MEGA4
已经有9人回复
2楼2011-03-22 16:11:30
3楼2011-03-22 16:22:03
4楼2011-03-22 16:25:12
5楼2011-03-22 16:36:00
6楼2011-03-23 07:34:01
7楼2011-03-30 10:07:04
8楼2011-04-07 11:45:20
10楼2011-04-07 12:47:36
11楼2011-04-07 14:18:08
12楼2011-04-07 18:54:09
13楼2011-04-09 00:06:42
14楼2011-04-09 19:00:42
17楼2011-08-31 11:35:27
18楼2011-09-03 16:31:08
19楼2011-09-05 16:18:04
20楼2011-09-05 19:36:23
21楼2011-09-05 21:10:00
22楼2011-09-06 09:12:21
23楼2011-09-06 13:13:29
28楼2011-10-18 10:10:53
31楼2011-10-26 08:57:30
41楼2011-12-21 21:44:50
49楼2012-02-14 11:25:58
简单回复
wolfebst9楼
2011-04-07 12:40
回复
五星好评 顶一下
xgx11115楼
2011-05-05 10:47
回复
三星好评 顶一下，感谢分享！
luojing16楼
2011-06-27 17:25
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
ydzw200824楼
2011-10-08 14:56
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xinweiyuejun25楼
2011-10-10 12:38
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
miao19848326楼
2011-10-10 23:23
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
liygmail27楼
2011-10-11 14:01
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zhen_fang29楼
2011-10-18 18:28
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
ybfat30楼
2011-10-21 13:21
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
fusiya32楼
2011-11-21 19:55
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
张建荣33楼
2011-11-22 00:23
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xiaoke204634楼
2011-11-22 19:57
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xuelipiao35楼
2011-11-25 18:27
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xujian56836楼
2011-12-01 19:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
williamskia37楼
2011-12-02 09:54
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
smisuccess38楼
2011-12-02 15:57
回复
五星好评 
flutebo39楼
2011-12-21 14:26
回复
顶一下，感谢分享！
hnusty40楼
2011-12-21 16:55
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
kaka104542楼
2011-12-29 14:55
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wangcong12343楼
2012-01-14 21:50
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
biomeng44楼
2012-02-06 19:37
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
天才小解45楼
2012-02-07 19:40
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
nkyhx46楼
2012-02-08 11:25
回复
三星好评 顶一下，感谢分享！
石城之子47楼
2012-02-09 23:48
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
lianyi648楼
2012-02-10 15:33
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wlj081020950楼
2012-02-15 19:18
回复
一般 顶一下，感谢分享！
20