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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】细菌16SDNA的通用引物
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】细菌16SDNA的通用引物

做PCR-DGGE分析微生物多样性，请问扩增16SDNA的通用引物都有哪些？一般是扩增V3区和V6~V8区吗？哪些通用引物比较常用？还有就是每种引物扩增时是不是选择的程序也不同呢？可不可以用几种引物配体系，然后用相同的程序扩增呢？急！！谢谢！！
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1楼 2011-03-21 16:08:18
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)
piaoyuaaa(金币+1): 2011-04-25 17:52:33
27F/1492R 扩的是几乎全长
关于DGGE可以参考Yu ZT 2004-2005年有一篇文章，具体分析了那对引物比较好，不过一般分析的都是V3
Yu and Morrison, 2004
Yu, Z. T. and M. Morrison. 2004. Comparisons of different hypervariable regions of rrs genes for use in fingerprinting of microbial communities by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis. Appl. Environ. Microbiol. 70: 4800-4806.
这是一篇DGGE方面的经典文章，值得一看
此外，本人的一片综述，尽管是瘤胃微生物方面的。但是系统讲了分析方法，建议看看

Deng WD, Xi DM, Mao HM, Wanapat M. 2008. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review. Molecular Biology Reports. 35(2):265-274.
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8楼2011-03-22 13:48:04
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
piaoyuaaa(金币+1): 2011-03-21 17:18:07
rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-03-21 18:48:18
本帖仅楼主可见
2楼2011-03-21 17:02:20
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-03-21 18:48:07
piaoyuaaa(金币+1): 2011-03-21 21:22:42
piaoyuaaa(金币+1): 2011-04-25 17:52:16
引用回帖:
Originally posted by piaoyuaaa at 2011-03-21 16:08:18:
做PCR-DGGE分析微生物多样性，请问扩增16SDNA的通用引物都有哪些？一般是扩增V3区和V6~V8区吗？哪些通用引物比较常用？还有就是每种引物扩增时是不是选择的程序也不同呢？可不可以用几种引物配体系，然后用相同的 ...

V3区：338F 518R
V6、7、8区：968F 1378R
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3楼2011-03-21 17:26:46
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wickhamhan at 2011-03-21 17:02:20:
27F/1492R

请问扩增的是哪个区的呢
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4楼2011-03-21 21:24:46
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匿名

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5楼2011-03-21 21:37:50
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
lstt09nk(金币+1): 感谢参与 2011-03-22 13:32:24
piaoyuaaa(金币+1): 2011-04-25 17:52:54
引用回帖:
Originally posted by wickhamhan at 2011-03-21 21:37:50:
这个我也不太清楚~~反正前几天做的时候用的这对 扩出来的片段大约1.5Kb~

约全长，基本上是16S rDNA序列都包括了。
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6楼2011-03-22 08:51:28
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匿名

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7楼2011-03-22 10:29:30
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maxlrh

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
怎么没有人分析V4区呀？哪V4区的引物是多少？
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9楼2012-10-20 09:07:58
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月下老人

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
957279楼: Originally posted by gayalynau at 2011-03-22 13:48:04
27F/1492R 扩的是几乎全长
关于DGGE可以参考Yu ZT 2004-2005年有一篇文章，具体分析了那对引物比较好，不过一般分析的都是V3
Yu and Morrison, 2004
Yu, Z. T. and M. Morrison. 2004. Comparisons of different ...

在国外期刊发表综述，牛人啊。
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11楼2012-11-23 08:03:44
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zhoujlhn

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wickhamhan at 2011-03-21 21:37:50
这个我也不太清楚~~反正前几天做的时候用的这对 扩出来的片段大约1.5Kb~

1.5kb有点不对吧！V6大概是400kb左右
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12楼2013-04-16 23:47:08
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南拳奶爸

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zhoujlhn at 2013-04-16 23:47:08
1.5kb有点不对吧！V6大概是400kb左右...

人家几乎是全长
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13楼2013-11-12 21:16:56
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月下老人10楼
2012-11-23 08:01   回复  
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