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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】兼并引物
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321wangke321

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】兼并引物 已有4人参与

我设计了兼并引物，是用蛋白序列设计的，现在想知道引物在序列上的位置，因为不知道扩增片段的长度。如果用比对软件，如何使用呢？我用过Blast及其它软件，都得不到结果，请教下哪位前辈可以给我些指导。谢谢！
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王者风范，一切皆有可能。
1楼 2011-03-11 14:12:35
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yabxxh

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-03-11 20:49:26
这位同学，你设计兼并引物的目的是什么呢？是想像特异引物那样从基因组中扩增到特定长度的片段吗？既然是简并引物，那就说明你只是知道某类基因的保守氨基酸序列，你要用这段氨基酸的序列，扩增到你需要的基因。那你为什么还要知道基因的长度呢，你去Blast的话，也只能去Blast那段保守的氨基酸序列吧。不知道你想用什么方法来克隆你的基因，你不会想直接用简并引物扩增出来吧。我觉得你用简并引物扩增的序列测序之后还要进行5‘和3’RACE才能得到你的基因，仅供参考，好运
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2楼2011-03-11 14:50:46
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love_st

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 321wangke321 at 2011-03-11 14:12:35:
我设计了兼并引物，是用蛋白序列设计的，现在想知道引物在序列上的位置，因为不知道扩增片段的长度。如果用比对软件，如何使用呢？我用过Blast及其它软件，都得不到结果，请教下哪位前辈可以给我些指导。谢谢！

就用你参考的序列上的位置，因为是兼并的，那你一定是经过比对的
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3楼2011-03-11 15:17:32
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321wangke321

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yabxxh at 2011-03-11 14:50:46:
这位同学，你设计兼并引物的目的是什么呢？是想像特异引物那样从基因组中扩增到特定长度的片段吗？既然是简并引物，那就说明你只是知道某类基因的保守氨基酸序列，你要用这段氨基酸的序列，扩增到你需要的基因。那 ...

谢谢，新手，学习了
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王者风范，一切皆有可能。
4楼2011-03-11 18:36:52
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321wangke321

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by love_st at 2011-03-11 15:17:32:
就用你参考的序列上的位置，因为是兼并的，那你一定是经过比对的

明白了，谢谢
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王者风范，一切皆有可能。
5楼2011-03-11 18:37:28
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)
Cloning Gene Family i\/lembers Using PCR with Degenerate Oligonucleotide Primers

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and read it
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有勇气去改变你可以改变的,有度量去容忍你不能改变的,有智慧去区分上面的两种情况http://bbs.bioon.net/bbs/?66210
6楼2011-03-11 20:05:33
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321wangke321

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangleisdnu at 2011-03-11 20:05:33:
Cloning Gene Family i\/lembers Using PCR with Degenerate Oligonucleotide Primers

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谢谢指点，可惜我从Springlink下不下来，能不能发给一份我啊，很想看，谢谢了。
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王者风范，一切皆有可能。
7楼2011-03-11 20:27:21
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