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chenting100

铁虫 (初入文坛)

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cDNA序列3000kb,用ExTaq和LATaq都扩gDNA都扩不出来,有什么其他的办法吗?
听说有一种Takara的酶,可以分段设计引物,把扩增每一小段拼接出来,有哪位大侠知道吗,指导一下,不胜感激啊
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yabxxh

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引用回帖:
Originally posted by chenting100 at 2011-03-14 11:27:19:
你好,感谢你的回复。我是拿到了cDNA全长,3000kb,设计全长引物拿gDNA全长,可能是gDNA全长太长,无扩增。现在想分段设计引物,扩增gDNA,然后拼接出来。
    听说有种TAKALA酶可以在扩增时直接拼接,不知道是 ...

呵呵,恕在下孤陋寡闻,没有听说过takara有这种酶,理论上也不可能有吧,只是说takara的primerstar,产生的都是不加A的末端,你可以直接将纯化后的PCR产物拼接起来,而不会产生移码,拼接还是要自己设计拼接引物去做的,酶不可能强大到如此地步,也可能我孤陋寡闻 ,呵呵,好运
还有,刚做研究的时候不想总想着走捷径,这样对你以后的发展不好,先把基础打实,呵呵
7楼2011-03-15 09:26:46
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路人甲007

木虫 (正式写手)

小七

是RACE吧  自己查查
与人玫瑰手有余香
2楼2011-03-11 14:46:54
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yabxxh

木虫 (正式写手)

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amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-03-11 20:53:46
请问你是从cDNA里面RT-PCR扩增吗?怎么会有gDNA。是的话,那你可以用拼接PCR的方法来做。简单地说就是你设计一对全长引物,然后设计一对中间引物,大概在1500bp的位置,这一对中间引物必须是反向互补的,他们分别和全长引物扩增得到两端序列,然后这两端序列之间退火,用全长引物进行拼接PCR,就会得到你的基因了。特别提到的是酶必须用不加A尾的pfu酶,TAKARA的primer star就可以了,片段GC含量高的话,用相应的GC Buffer。好运。
3楼2011-03-11 14:59:34
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yabxxh

木虫 (正式写手)

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看天(金币+1): 鼓励交流 2011-03-14 12:31:35
还有就是RNA提取质量一定要好,反转录不能出现失误,反转录后尽量直接PCR,避免过夜。还要注意,最好跑一个cDNA的图片,确认其覆盖到了3000bp,且比较均匀。
4楼2011-03-11 15:01:46
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