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charster

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】多拷贝基因的引物设计为什么特别重要? 已有2人参与

在文献中读到以下一句。以前没有注意过,所以不知道为什么具有多个拷贝的同源基因,如果不能被检测,就从实验中剔除。

是不是因为同源基因可能在某个地方发生碱基突变,所以如果用一种引物可能漏掉其中的拷贝,因此必须保证引物把所有的拷贝都扩增到?

那设计时如何做到引物具有高度特异性呢?如果是按照同源基因的保守区段来设计的话,那应该是可以扩增到所有的拷贝的啊。

所以,没看懂这个设计背后的道理。求高人指点。

Soybean is a paleopolyploid that has experienced two genome duplication events in its evolutionary history resulting in nearly 75% of the genes present in multiple highly homologous copies (Schmutz et al., 2010). As such, single gene primer specificity was of high importance and any homologous genes that could not be resolved were left out of this analysis.
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

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dhd997(金币+2): good 2011-02-23 09:44:36
引用回帖:
Originally posted by xnbioinfor at 2011-02-22 14:52:34:
引物设计应该注意什么呢

特异性啊,BLAST检测一下,不行就做巢式PCR
4楼2011-02-22 22:58:15
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
翱宇(金币+1): 谢谢交流 2011-02-22 23:07:23

意思是区分同源基因很难,如果无法区分同源基因就没法测定。
2楼2011-02-22 22:02:20
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xnbioinfor

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jurkat.1640 at 2011-02-22 14:02:20:
意思是区分同源基因很难,如果无法区分同源基因就没法测定。

引物设计应该注意什么呢
3楼2011-02-22 22:52:34
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