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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】求助关于基因序列的变异分析用什么软件？
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mandy33

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】求助关于基因序列的变异分析用什么软件？

请教大家一个问题?
有谁知道基因序列的功能性分析用什么软件分析吗？比如一段基因序列，要分析出它包括不包括CArGboxes，Y boxes or TATAbox 怎么分析？用什么软件？请高人指点一下啊？急啊，谢谢各位啦！
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1楼2011-02-20 14:40:04
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xmy0523

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+3): 很活跃，欢迎常来交流 2011-02-20 14:54:45
1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:55:57
1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:56:09
mandy33(金币+1): 2011-02-22 14:46:30

我觉得的用Bowtie就行吧，把你要的那几段序列写进去，一运行就出来了。http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml  当然很多其他的程序也应该可以。
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2楼2011-02-20 14:47:00
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xmy0523

新虫 (小有名气)
★
1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:56:06

还有，可以上NCBI去检索一下，用blast或者genbank。
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3楼2011-02-20 14:48:11
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xmy0523

新虫 (小有名气)
★
rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-02-20 23:07:01
mandy33(金币+1): 2011-02-22 14:46:40

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software
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4楼2011-02-20 14:56:57
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mandy33

银虫 (初入文坛)

xmy0523


这个具体怎么操作啊？我进了bowtie，然后点击哪块,输入序列啊？
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5楼2011-02-22 14:49:52
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mandy33

银虫 (初入文坛)

。我现在已经克隆出一段基因序列，想对3’UTR  U3区转录调控元件进行分析，如C/EBP黏着位点，CArGbox、Ybox、PREbox、TATAbox等保守性。但不知道用什么软件分析U3区 C/EBP黏着位点，CArGbox、Ybox、PREbox、TATAbox等以及它们的保守性如何。 那位高人指点一下啊，说得具体点啊，谢谢啦！
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6楼2011-02-22 14:52:14
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