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mandy33

银虫 (初入文坛)


[交流] 【求助/交流】求助关于基因序列的变异分析用什么软件?

请教大家一个问题?
有谁知道基因序列的功能性分析用什么软件分析吗?比如一段基因序列,要分析出它包括不包括CArGboxes,Y boxes or TATAbox 怎么分析?用什么软件?请高人指点一下啊?急啊,谢谢各位啦!
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xmy0523

新虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+3): 很活跃,欢迎常来交流 2011-02-20 14:54:45
1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:55:57
1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:56:09
mandy33(金币+1): 2011-02-22 14:46:30

我觉得的用Bowtie就行吧,把你要的那几段序列写进去,一运行就出来了。http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml  当然很多其他的程序也应该可以。
2楼2011-02-20 14:47:00
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xmy0523

新虫 (小有名气)



1949stone(金币+1): 鼓励交流 2011-02-20 14:56:06

还有,可以上NCBI去检索一下,用blast或者genbank。
3楼2011-02-20 14:48:11
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xmy0523

新虫 (小有名气)



rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-02-20 23:07:01
mandy33(金币+1): 2011-02-22 14:46:40
4楼2011-02-20 14:56:57
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mandy33

银虫 (初入文坛)


xmy0523


这个具体怎么操作啊?我进了bowtie,然后点击哪块,输入序列啊?
5楼2011-02-22 14:49:52
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mandy33

银虫 (初入文坛)



。我现在已经克隆出一段基因序列,想对3’UTR  U3区转录调控元件进行分析,如C/EBP黏着位点,CArGbox、Ybox、PREbox、TATAbox等保守性。但不知道用什么软件分析U3区 C/EBP黏着位点,CArGbox、Ybox、PREbox、TATAbox等以及它们的保守性如何。 那位高人指点一下啊,说得具体点啊,谢谢啦!
6楼2011-02-22 14:52:14
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