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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】提取基因组DNA后琼脂糖凝胶电泳显示拖尾
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laughitoff

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】提取基因组DNA后琼脂糖凝胶电泳显示拖尾

各位大虾，我提取基因组DNA活，跑琼脂糖凝胶电泳显示出拖尾现象，不知道是什么原因，怎么解决，药品我已经换过一批，但是结果还是一样！请各位帮助！我提的是沼气发酵过程中样品的DNA，用的是氯苯法！

[ Last edited by laughitoff on 2011-1-9 at 14:55 ]
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1楼 2011-01-09 13:08:22
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yangguoliguo

银虫 (小有名气)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-09 21:39:49
1、琼脂糖检测DNA一般去1~5微升原液，加2微升溴酚蓝便可，注意上样浓度；
2、可能是原液浓度太大造成的；
3、可能DNA已降解。
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2楼2011-01-09 16:41:15
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
rainwander(金币+2):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-09 21:40:49
引用回帖:
Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 13:08:22:
各位大虾，我提取基因组DNA活，跑琼脂糖凝胶电泳显示出拖尾现象，不知道是什么原因，怎么解决，药品我已经换过一批，但是结果还是一样！请各位帮助！我提的是沼气发酵过程中样品的DNA，用的是氯苯法！

[ La ...

呵呵，拖尾的问题很可能是实验上的一些细节造成的。我提沼气发酵样品微生物宏基因组DNA的时候用的是周集中的那个经典CTAB法，跑0.8%的电泳看，23kb是单一条带。

注意整个过程中的枪尖是剪掉头部的，吸取上清等步骤要轻柔。注意到这些细节，提取出来的应该是23kb左右的单一条带。另外，可能需要多提几次练练手。
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3楼2011-01-09 16:47:30
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在雨中

金虫 (著名写手)
也许有腐殖酸等杂质的污染呢？
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4楼2011-01-09 19:43:02
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yabing0324

金虫 (职业作家)
胶做的厚一点
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5楼2011-01-09 19:51:07
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laughitoff

新虫 (初入文坛)

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我取过的样品是加入Extration Buffer，在-20度保存的，提取前两天解冻的，但从第一次提取的时候就脱尾啦，但现在已经好几天了，会不会出现菌体自溶现象，造成有小的DNA片段，产生拖尾吗，而且我在提取之前我已经离心了！
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6楼2011-01-09 20:56:58
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laughitoff

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-01-09 19:43:02:
也许有腐殖酸等杂质的污染呢？

有什么解决方法吗？
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7楼2011-01-09 20:57:42
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 20:56:58:
我取过的样品是加入Extration Buffer，在-20度保存的，提取前两天解冻的，但从第一次提取的时候就脱尾啦，但现在已经好几天了，会不会出现菌体自溶现象，造成有小的DNA片段，产生拖尾吗，而且我在提取之前我已经离 ...

为什么是提取前两天解冻而不是临时解冻的呢？
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8楼2011-01-09 21:13:47
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在雨中

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 20:57:42:


有什么解决方法吗？

在提取前对样品进行一定的脱腐处理呀。很简单。有一种TENP buffer，文献中查的到的。
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9楼2011-01-09 21:48:20
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laughitoff

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-01-09 21:13:47:



为什么是提取前两天解冻而不是临时解冻的呢？

我样品比较多，本想解冻完直接提DNA的，但是实验室进仪器，收拾来着，没提上，我想知道，会有影响吗？
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10楼2011-01-09 22:20:38
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laughitoff

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-01-09 21:48:20:


在提取前对样品进行一定的脱腐处理呀。很简单。有一种TENP buffer，文献中查的到的。

是在提取前先加入这种Buffer，溶解吗？我加入的是Extration Buffer，请问加这种TENP buffer混匀之后需要将TENP buffer离心，弃掉吗？
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11楼2011-01-09 22:25:11
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在雨中

金虫 (著名写手)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-10 00:05:53
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Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 22:25:11:


是在提取前先加入这种Buffer，溶解吗？我加入的是Extration Buffer，请问加这种TENP buffer混匀之后需要将TENP buffer离心，弃掉吗？

是的。将这种buffer和样品混合，震荡，然后离心去上清，重复洗涤2,3次就可以达到去除腐殖酸的目的。如果你的样品中腐殖酸很多，你会发现，弃去的上清很黑很黑的哦。

请参考文献：杨恋，杨朝晖，曾光明，等．2008．好氧堆肥高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌群落结构 环境科学学报，28(12)：2514—2521
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12楼2011-01-09 22:43:47
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-10 00:06:25
引用回帖:
Originally posted by laughitoff at 2011-01-09 22:20:38:

我样品比较多，本想解冻完直接提DNA的，但是实验室进仪器，收拾来着，没提上，我想知道，会有影响吗？

Of course!!!!!!!!!! 样品分成小份冻存，每次取出一只来提取DNA。看来你的样品十分不珍贵。
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13楼2011-01-09 22:49:05
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