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[交流]
【求助/交流】寻找保守序列
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| 我想将引物设计在保守序列上，以减少非特异的扩增。不知道保守序列怎么找呀？ |
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2楼2010-12-18 14:24:30
3楼2010-12-18 15:55:51
brightfuture01
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rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~ 2010-12-18 16:01:36
xwsooo(金币+1): 2011-04-25 21:35:00
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xwsooo(金币+1): 2011-04-25 21:35:00
4楼2010-12-18 15:59:45
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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你现在进行到什么程度了？现在以你仅知道要扩增的基因和属名，要找该属的这个基因的保守序列为例，根据我的体会，则建议这样操作： ① 通过ncbi找该属代表种的该基因序列； ② 以该序列为比对模板，通过在线的Blast搜寻该属(genus)或所有E<10^-50的基因序列，全部用fastn格式保存在文本文件中； ③对该文本文件用clustal X进行排序，应获得一个aln文件； ④用Ugene打开aln文件，在该软件中的窗口中人工比对找到可能保守序列。条件是足够长，比如25bp，属内不相配的碱基最多3个，与其他属的差异则在4个碱基以上，即既保守，又特异。符合这几个条件即为保守序列，但是否适于设计引物，还要再考查。 [ Last edited by fukkim on 2012-8-20 at 16:08 ] |
5楼2012-08-20 16:05:03
6楼2012-08-20 16:06:02
brightfuture01
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9楼2012-08-21 10:53:28
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那是因为你只是隔空放一个Clustal W软件，搞得楼主丈二和尚摸不着头脑，我针对的不是你这样一个网址，你仔细睁大眼睛看我的疑问：“您老人家就给别人一个软件，再给一个网址，你觉得真的能帮助别人吗？” 还有你所谓的软件，完全是在浪费别人的时间，楼主是一个连Clustal W软件都不知道的人，他下载了这个软件也不知如何用，就算会用，做了之后离找保守序列还有相当大的距离，对他的帮助微乎其微，但阁下还觉得大恩于他一样，真是可笑之极。另外，再麻烦你将我的回复在网上搜出来，不然我认为你是信口开河，将向版主投诉你，存在素质低下、不尊重别人劳动、肆意人身攻击的嫌疑! [ Last edited by fukkim on 2012-8-21 at 15:05 ] |
10楼2012-08-21 14:59:32
brightfuture01
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11楼2012-08-21 15:06:52
