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xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】寻找保守序列

我想将引物设计在保守序列上，以减少非特异的扩增。不知道保守序列怎么找呀？
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1楼 2010-12-18 12:58:36
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fukkim

新虫 (著名写手)
引用回帖:
1057855楼: Originally posted by brightfuture01 at 2010-12-18 15:59:45
生物软件网：http://www.bio-soft.net/format.html

您老人家就给别人一个软件，再给一个网址，你觉得真的能帮助别人吗？
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6楼2012-08-20 16:06:02
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xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-12-18 14:24:30:
clusterw

哪里能下载clusterw 吗？
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3楼2010-12-18 15:55:51
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~ 2010-12-18 16:01:36
xwsooo(金币+1): 2011-04-25 21:35:00
生物软件网：http://www.bio-soft.net/format.html
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4楼2010-12-18 15:59:45
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fukkim

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1050421楼: Originally posted by xwsooo at 2010-12-18 12:58:36
我想将引物设计在保守序列上，以减少非特异的扩增。不知道保守序列怎么找呀？

你现在进行到什么程度了？现在以你仅知道要扩增的基因和属名，要找该属的这个基因的保守序列为例，根据我的体会，则建议这样操作：
① 通过ncbi找该属代表种的该基因序列；
② 以该序列为比对模板，通过在线的Blast搜寻该属(genus)或所有E<10^-50的基因序列，全部用fastn格式保存在文本文件中；
③对该文本文件用clustal X进行排序，应获得一个aln文件；
④用Ugene打开aln文件，在该软件中的窗口中人工比对找到可能保守序列。条件是足够长，比如25bp，属内不相配的碱基最多3个，与其他属的差异则在4个碱基以上，即既保守，又特异。符合这几个条件即为保守序列，但是否适于设计引物，还要再考查。

[ Last edited by fukkim on 2012-8-20 at 16:08 ]
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5楼2012-08-20 16:05:03
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