应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】寻找保守序列
51/1返回列表
查看: 1601  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】寻找保守序列

我想将引物设计在保守序列上，以减少非特异的扩增。不知道保守序列怎么找呀？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-18 12:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-12-18 14:24:30:
clusterw

哪里能下载clusterw 吗？
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-18 15:55:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~ 2010-12-18 16:01:36
xwsooo(金币+1): 2011-04-25 21:35:00
生物软件网：http://www.bio-soft.net/format.html
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-18 15:59:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fukkim

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1050421楼: Originally posted by xwsooo at 2010-12-18 12:58:36
我想将引物设计在保守序列上，以减少非特异的扩增。不知道保守序列怎么找呀？

你现在进行到什么程度了？现在以你仅知道要扩增的基因和属名，要找该属的这个基因的保守序列为例，根据我的体会，则建议这样操作：
① 通过ncbi找该属代表种的该基因序列；
② 以该序列为比对模板，通过在线的Blast搜寻该属(genus)或所有E<10^-50的基因序列，全部用fastn格式保存在文本文件中；
③对该文本文件用clustal X进行排序，应获得一个aln文件；
④用Ugene打开aln文件，在该软件中的窗口中人工比对找到可能保守序列。条件是足够长，比如25bp，属内不相配的碱基最多3个，与其他属的差异则在4个碱基以上，即既保守，又特异。符合这几个条件即为保守序列，但是否适于设计引物，还要再考查。

[ Last edited by fukkim on 2012-8-20 at 16:08 ]
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-20 16:05:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fukkim

新虫 (著名写手)
引用回帖:
1057855楼: Originally posted by brightfuture01 at 2010-12-18 15:59:45
生物软件网：http://www.bio-soft.net/format.html

您老人家就给别人一个软件，再给一个网址，你觉得真的能帮助别人吗？
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-20 16:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 7/350 2026-09-03 18:50 by jyNB2vrbdUpR
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 8/400 2026-09-03 16:38 by T0rGB46095mJ
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 5/250 2026-09-03 16:38 by T0rGB46095mJ
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 10/500 2026-09-03 16:27 by T0rGB46095mJ
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 8/400 2026-09-03 14:48 by T0rGB46095mJ
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +10 雨打竹帘 2026-08-30 14/700 2026-09-03 13:17 by qsd10086
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 12:03 by T0rGB46095mJ
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +8 gdd2018 2026-08-28 13/650 2026-09-03 06:22 by 羽毛枫f
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 4/200 2026-09-03 03:14 by rM1TE0WVDIIY
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭