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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock中的dlg文件怎么看氢键
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hbbnu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】autodock中的dlg文件怎么看氢键 已有2人参与

我是做学生实验用的这个软件，是生物大分子和活性小分子对接模拟实验，得到一个dlg文件，请问各位大虾怎么从这个文件里看氢键的信息，麻烦给指明一下。
还有就是
USER    (1) Final Intermolecular Energy     =   -8.67 kcal/mol
USER        vdW + Hbond + desolv Energy     =   -7.96 kcal/mol
USER        Electrostatic Energy            =   -0.71 kcal/mol
USER        Moving Ligand-Fixed Receptor    =   -8.67 kcal/mol
USER        Moving Ligand-Moving Receptor   =   +0.00 kcal/mol
USER    (2) Final Total Internal Energy     =   +0.00 kcal/mol
USER        Internal Energy Ligand          =   +0.00 kcal/mol
USER        Internal Energy Receptor        =   +0.00 kcal/mol
USER    (3) Torsional Free Energy           =   +8.23 kcal/mol
USER    (4) Unbound System's Energy         =   +0.00 kcal/mol
USER   
上面这些就是所有结合能量的信息了吧
http://d.namipan.com/d/dcdeb2d7e ... 575b151def767650200
附上dlg文件，谢谢啦
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1楼 2010-12-15 12:52:25
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hbbnu

金虫 (正式写手)
[quote]Originally posted by caixin5120 at 2010-12-15 13:44:20:



Hb R-eqm = 1.900,  weighted Hb epsilon = 0.487, Hb type = 4,

vdW + Hbond + desolv Energy     =   -7.96 kcal/mol
Hb       Hbond

[ Last edited by caixin5120 on 2010-12-15 ... [/quot]
你好，我是分析了5个构象，怎么分出每一个的氢键键长，能量呢？
Hb R-eqm = 1.900,  weighted Hb epsilon = 0.487, Hb type = 4,

这些都是代表什么？？//

[ Last edited by hbbnu on 2010-12-15 at 18:35 ]
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3楼2010-12-15 18:34:37
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-15 22:32:22
引用回帖:
Originally posted by hbbnu at 2010-12-15 12:52:25:
我是做学生实验用的这个软件，是生物大分子和活性小分子对接模拟实验，得到一个dlg文件，请问各位大虾怎么从这个文件里看氢键的信息，麻烦给指明一下。
还有就是
USER    (1) Final Intermolecular Energy      ...

Hb R-eqm = 1.900,  weighted Hb epsilon = 0.487, Hb type = 4,

vdW + Hbond + desolv Energy     =   -7.96 kcal/mol
Hb       Hbond

[ Last edited by caixin5120 on 2010-12-15 at 13:46 ]
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2楼2010-12-15 13:44:20
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