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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】大侠们，求叶绿素a的详细的键长键角~~
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

[交流] 【求助】大侠们，求叶绿素a的详细的键长键角~~

大侠们，请问有研究叶绿素a结构的吗，我现在要开题了，需要叶绿素a的详细的结构，包含键长键角的。
哪位大侠有的话，直接20金币，不够的话，我可以再追加……谢谢……

我有叶绿素a的结构图的……
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1楼 2010-11-28 00:01:02
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gujing136

禁虫 (文坛精英)
我都等到花儿都谢了……自己顶自己的吧……唉……
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2楼2010-12-27 20:31:31
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xmzhong

铁杆木虫 (著名写手)

可以自己用Gaussian 03 计算

★ ★
gujing136(金币+3):我就是想用高斯构建，但是初始的键长键角的数据呢？ 2010-12-29 18:26:21
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:54:40
可以用Gaussian 计算得到叶绿素的键长和键角。
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3楼2010-12-29 15:44:16
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z5476t4508

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
gujing136(金币+5):我现在要用ADF计算……我要植物的叶绿素a……谢谢您给的建议…… 2010-12-30 16:44:52
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-31 14:09:52
gujing136(金币+4): 大侠，就麻烦你把细菌叶绿素A的结构发一个给我吧，287471115@qq.com 2011-04-26 10:19:12
引用回帖:
Originally posted by gujing136 at 2010-11-28 00:01:02:
大侠们，请问有研究叶绿素a结构的吗，我现在要开题了，需要叶绿素a的详细的结构，包含键长键角的。
哪位大侠有的话，直接20金币，不够的话，我可以再追加……谢谢……

我有叶绿素a的结构图的……

我有细菌叶绿素A的结构和参数，但是不知道你用什么程序，你要的话我可以给你
另外我记得在找细菌叶绿素结构的时候在amber maillist 上见过叶绿素A的参数，是charmm格式的你可以找找...
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4楼2010-12-30 11:20:08
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z5476t4508

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xmzhong at 2010-12-29 15:44:16:
可以用Gaussian 计算得到叶绿素的键长和键角。

您好，请问如何通过gaussian计算得到分子的键长键角等参数呢？ 只需要gaussian就可以吗？
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5楼2010-12-30 19:36:56
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xmzhong

铁杆木虫 (著名写手)

是的

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:10:07
gujing136(金币+2): 行家……呵呵…… 2011-03-23 20:18:39
先用chenmdraw 画出叶绿素的分子结构，然后用Gaussian 模拟计算，可以输出键长、键角等。
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6楼2010-12-31 10:30:51
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:10:14
gujing136(金币+2):有道理有道理……呵呵…… 2011-01-01 01:11:28
引用回帖:
Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 10:30:51:
先用chenmdraw 画出叶绿素的分子结构，然后用Gaussian 模拟计算，可以输出键长、键角等。

这样搞，只能得到local minima附近的参数。
比如ferrocene，如果建模的时候画了一个D5h群的，
是优化不出来C5v群的结构的。
窃以为这样复杂的分子，必须有XRD等实验数据才好办。
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7楼2010-12-31 11:20:49
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xmzhong

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:10:21
gujing136(金币+2):叶绿素a有单晶么？ 2011-01-01 01:12:09
对于Gaussian，分子复杂不要紧，只是计算时间长而已。
分子结构模型，可以在CHEM 3D 中修改，以满足立体结构要求。
如果采用XRD，是否须是单晶做的？
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8楼2010-12-31 11:53:27
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gujing136(金币+2):哦……查文献没有找到哦…… 2011-01-01 01:12:48
ghcacj(金币+7):谢谢 2011-01-04 17:22:30
引用回帖:
Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 11:53:27:
对于Gaussian，分子复杂不要紧，只是计算时间长而已。
分子结构模型，可以在CHEM 3D 中修改，以满足立体结构要求。
如果采用XRD，是否须是单晶做的？

请注意，计算时间长也只能是优化到local minimal。
如果手画的分子到真实的global minimal之间有能垒，
优化是优化不到global minimal的。只有用MC或者MD才行。
但是对于应用来说，一般算什么分子都会有结构的。比如
CCDC数据库、合作组里的cif或者pdb文件什么的。
XRD实验我不懂，我目前为止做的系统都是有结构的。
根据我所有经验的老师讲，自己猜的分子结构的话确实需要很
精细的考虑的。

叶绿素的话有很多人做，需要查一番文献才行。
这东西不能手懒，ChemOffice里简单一画通常是不行的。
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9楼2010-12-31 15:08:09
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