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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】大侠们，求叶绿素a的详细的键长键角~~
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

[交流] 【求助】大侠们，求叶绿素a的详细的键长键角~~

大侠们，请问有研究叶绿素a结构的吗，我现在要开题了，需要叶绿素a的详细的结构，包含键长键角的。
哪位大侠有的话，直接20金币，不够的话，我可以再追加……谢谢……

我有叶绿素a的结构图的……
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1楼2010-11-28 00:01:02
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-31 14:10:14
gujing136(金币+2):有道理有道理……呵呵…… 2011-01-01 01:11:28
引用回帖:
Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 10:30:51:
先用chenmdraw 画出叶绿素的分子结构，然后用Gaussian 模拟计算，可以输出键长、键角等。

这样搞，只能得到local minima附近的参数。
比如ferrocene，如果建模的时候画了一个D5h群的，
是优化不出来C5v群的结构的。
窃以为这样复杂的分子，必须有XRD等实验数据才好办。
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7楼2010-12-31 11:20:49
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gujing136(金币+2):哦……查文献没有找到哦…… 2011-01-01 01:12:48
ghcacj(金币+7):谢谢 2011-01-04 17:22:30
引用回帖:
Originally posted by xmzhong at 2010-12-31 11:53:27:
对于Gaussian，分子复杂不要紧，只是计算时间长而已。
分子结构模型，可以在CHEM 3D 中修改，以满足立体结构要求。
如果采用XRD，是否须是单晶做的？

请注意，计算时间长也只能是优化到local minimal。
如果手画的分子到真实的global minimal之间有能垒，
优化是优化不到global minimal的。只有用MC或者MD才行。
但是对于应用来说，一般算什么分子都会有结构的。比如
CCDC数据库、合作组里的cif或者pdb文件什么的。
XRD实验我不懂，我目前为止做的系统都是有结构的。
根据我所有经验的老师讲，自己猜的分子结构的话确实需要很
精细的考虑的。

叶绿素的话有很多人做，需要查一番文献才行。
这东西不能手懒，ChemOffice里简单一画通常是不行的。
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9楼2010-12-31 15:08:09
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