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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】你们的lammps的输入文件都是MS生成的吗？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】你们的lammps的输入文件都是MS生成的吗？

rt,哪一种生成LAMMPS的输入文件的方式最迅速，最有效？
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1楼2010-11-17 19:19:52
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+5):怎么自建？ 2010-11-17 21:48:39
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-17 23:00:38
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-18 12:45:46
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-17 19:19:52:
rt,哪一种生成LAMMPS的输入文件的方式最迅速，最有效？

对于一些比较规则的晶体类，lammps自建模型显然是最好的。
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2楼2010-11-17 21:26:42
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zyj8119(金币+1):谢谢参与
zyj8119(金币+3):还是用你说的packmol去生成吗？ 2010-11-18 10:23:55
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-18 12:46:00
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-17 19:19:52:
rt,哪一种生成LAMMPS的输入文件的方式最迅速，最有效？

towhee可以生成lammps 输入文件，最迅速不可能，最有效倒是很有可能，没试过。楼主可以试试
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3楼2010-11-18 10:08:53
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-18 12:46:10
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-11-18 10:08:53:


towhee可以生成lammps 输入文件，最迅速不可能，最有效倒是很有可能，没试过。楼主可以试试

其实我对lammps不熟，只是知道towhee中有这样一个功能，towhee可以读入lammps的输入文件，也可以生成lammps和dlpoly的输入文件。
刚刚使用towhee生成了一个lammps data和input文件，确实挺方便挺高效。
方法很简单，就是使用gcmc向一个空盒子里插入分子，初始化学势随便设定就可以，将loutlammps 参数设定为.true. 即可。这样生成的初始文件会比较接近平衡态，因为插入时已经考虑了能量因素。
但如果是比较致密的体系可能要插入很多次才能达到自己想要的分子数。当然可以通过把初始盒子设定大一些来加速插入的过程，然后跑NPT把体积在降下来。

忘记说了，这里towhee的初始文件只是towhee_input文件，不需要其他的文件。

[ Last edited by 043114076 on 2010-11-18 at 11:16 ]
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4楼2010-11-18 11:09:41
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-11-18 11:09:41:


其实我对lammps不熟，只是知道towhee中有这样一个功能，towhee可以读入lammps的输入文件，也可以生成lammps和dlpoly的输入文件。
刚刚使用towhee生成了一个lammps data和input文件，确实挺方便挺高效。
方法 ...

哎， towhee本身就很难用啊，无奈towhee的例子不多。。。
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5楼2010-11-18 12:50:26
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-18 23:22:10
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-11-18 11:09:41:


其实我对lammps不熟，只是知道towhee中有这样一个功能，towhee可以读入lammps的输入文件，也可以生成lammps和dlpoly的输入文件。
刚刚使用towhee生成了一个lammps data和input文件，确实挺方便挺高效。
方法 ...

看一下lammps里的lattice命令，建晶体时根据晶体的cif文件的原子信息，一般单胞内原子数不是很多的的晶体都应该没问题。
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6楼2010-11-18 18:35:48
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