24小时热门版块排行榜    

查看: 1190  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lilirong2009

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】PCR引物



如图,我用手工设计了金黄色葡萄球菌ATCC6538总DNA中几种基因的引物,只有一种引物P出了基因,此种基因长度为2000多个bp,但是我手工设计的引物理论上应调取中间200bp的片段,但是通过marker比对看,P出来的是500-700bp间的片段,请问是什么原因? 另外,手工设计的其他几种引物都没有P出东西来,只能很模糊的看到引物二聚体,是什么原因啊?
  注:因为金黄色葡萄球菌ATCC6538的这几种基因并不能全部在genebank中找到,所以我通过blast和clustalW2 比对了几种金黄色葡萄球菌的基因,找出其中保守序列后用primer premier 5 手工设计的长度都为18bp的引物,引物公司合成后给的Tm大多为40多度。我退火温度设计了梯度温度为40-55℃,但是只有一种引物P出了基因,但基因长度不是预设的长度。到底是什么原因啊?
    多谢指教!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gagalady

新虫 (正式写手)



lstt09nk(金币+1):感谢交流 2010-11-15 19:00:35
引物二聚体的存在 就说明 引物没用上
引物的Tm值是40多   你的退火温度应该比它低呀 怎么着也得低5度呀
3楼2010-11-15 18:56:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

hong303030

金虫 (小有名气)


lilirong2009(金币+1): 2010-11-16 08:40:59
引用回帖:
Originally posted by lilirong2009 at 2010-11-15 17:14:13:


如图,我用手工设计了金黄色葡萄球菌ATCC6538总DNA中几种基因的引物,只有一种引物P出了基因,此种基因长度为2000多个bp,但是我手工设计的引物理 ...

以前我也遇到过这种问题,可以优化一下PCR体系,还有PCR的扩增程序,以前普通程序扩不出来,我用touchdown的程序扩出来了,还就是你可以换一下扩增用的酶,试一下
2楼2010-11-15 18:45:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

磊leisure

金虫 (小有名气)


退火温度设置的很重要,你重新设置一下PCR反应体系吧
4楼2010-11-21 09:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +6 scalable 2026-08-24 6/300 2026-08-24 20:28 by 苦寒来香
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 人气不行了 +9 fansofjerry 2026-08-21 9/450 2026-08-24 17:48 by zhaozhengxin
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +6 图啦图啦 2026-08-24 6/300 2026-08-24 17:44 by 小小红帆
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见