[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？

Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 11:40:15:
貌似是98的格式？

Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！

Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 17:03:54:


qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。

Originally posted by dx357 at 2010-11-11 16:39:20:
同惑。。。

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:48:15:

我惑很多，希望你能弄明白，帮我解惑！！

Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

Originally posted by manson1998 at 2010-11-15 15:54:21:

佩服

Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:14:52:

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.0050 ...

Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

Originally posted by dx357 at 2010-11-16 10:01:49:


前面的说的都对，就是到优化后保证还是两个不相连的分子。然后分别要将优化后的反应物和产物（不是有两个输出文件吗，）然后把输出文件的坐标（两个）中间的题目之间用空行隔开形成一新的输入文件，关键词是q ...

Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:47:24:

nbo计算完成后出来的             Natural  -----------------------------------------------
    Atom  No    Charge         Core      Valence    Rydberg      Total
--------------------------------- ...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

Originally posted by dx357 at 2010-11-16 17:39:36:


嗯，是的。是一起作为输入文件的（注意两坐标之间题目前后要有空行）。给你个意见，不用找分子坐标。用高斯view新建，然后复制output分子构型到新建。然后点view file就ok。不知道我表达到位了没。因为是菜鸟 ...

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！