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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？
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zhaoyxcas

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[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的？ 不是原子坐标？？费解，谢谢！！
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1楼 2010-11-11 11:10:49
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manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57
貌似是98的格式？
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2楼2010-11-11 11:40:15
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:49
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、寻找、优化过渡态的坐标。。。
至于怎么来的——这应该是最基础的问题，任何一个学生学习gaussian计算，第一课都要学习怎么手写内坐标的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]
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3楼2010-11-11 13:49:43
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

嗯，谢谢，还没算过过渡态，直接由gjf产生的坐标可以吗。尝试中谢谢指导！
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4楼2010-11-11 15:51:26
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
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Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 11:40:15:
貌似是98的格式？

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！
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5楼2010-11-11 16:03:31
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

反应物有两个内坐标可以写在一起吗？
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6楼2010-11-11 16:05:28
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dx357

铜虫 (初入文坛)
同惑。。。
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7楼2010-11-11 16:39:20
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manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-12 11:46:46
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！

qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。
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8楼2010-11-11 17:03:54
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 17:03:54:


qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！
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9楼2010-11-12 11:46:37
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-11 16:39:20:
同惑。。。

我惑很多，希望你能弄明白，帮我解惑！！
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10楼2010-11-12 11:48:15
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manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+1): 2010-11-12 22:26:03
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
coordinations

title

0 1
coordinations

你最开始给的那个结构貌似是98中的一个例子，是内坐标形式，不过和03的不太一样，我试了一下无法识别，可能是格式问题吧。

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-12 at 12:27 ]
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11楼2010-11-12 12:25:53
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

嗯，非常感谢。呵呵是自己太笨了，看了有时也弄不明白。好好学习争取自己能算出过渡态。有困难.....想办法要解决地。
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12楼2010-11-12 22:25:56
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dx357

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:48:15:

我惑很多，希望你能弄明白，帮我解惑！！

hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。
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13楼2010-11-15 15:53:19
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manson1998

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

佩服
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14楼2010-11-15 15:54:21
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dx357

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-15 15:54:21:

佩服

啊？ 过讲，过讲。
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15楼2010-11-15 16:00:13
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。然后将其进行过渡态的优化？？说得有些啰嗦不知我表达的意思对不对？？
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16楼2010-11-15 17:10:05
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

MM啊，你去看看gaussian手册吧。千万别乱想，千万千万。。。。
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17楼2010-11-15 17:11:49
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
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Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.00507
在后面这么多数值，文献报道的一般指其后的哪一个数，以前在小木虫上问过不过没找到答案。谢谢帮忙！！
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18楼2010-11-15 17:14:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:14:52:

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.0050 ...

莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...
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19楼2010-11-15 17:39:41
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
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Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

呵呵...是的，刚弄明白。
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20楼2010-11-15 18:41:04
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dx357

铜虫 (初入文坛)
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

前面的说的都对，就是到优化后保证还是两个不相连的分子。然后分别要将优化后的反应物和产物（不是有两个输出文件吗，）然后把输出文件的坐标（两个）中间的题目之间用空行隔开形成一新的输入文件，关键词是qst2。找过渡态。
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21楼2010-11-16 10:01:49
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zhaoyxcas

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Originally posted by dx357 at 2010-11-16 10:01:49:


前面的说的都对，就是到优化后保证还是两个不相连的分子。然后分别要将优化后的反应物和产物（不是有两个输出文件吗，）然后把输出文件的坐标（两个）中间的题目之间用空行隔开形成一新的输入文件，关键词是q ...

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。
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22楼2010-11-16 11:40:10
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zhaoyxcas

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Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

nbo计算完成后出来的             Natural  -----------------------------------------------
    Atom  No    Charge         Core      Valence    Rydberg      Total
-----------------------------------------------------------------------
     Al    1    1.11105      

是说Al的电荷为+1.11105au?  这个数值与其价态有什么关系？？
谢谢！！！
没人回复，直接问你吧，谢谢了！！
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23楼2010-11-16 11:47:24
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fatpig8832

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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

是一起作为一个输入文件...

其实我觉得说明书上关于 ts,qst2,qst3 是咋回事已经写得很清楚...
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24楼2010-11-16 15:21:22
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fatpig8832

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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:47:24:

nbo计算完成后出来的             Natural  -----------------------------------------------
    Atom  No    Charge         Core      Valence    Rydberg      Total
--------------------------------- ...

这个跟Al原子的价态有虾米关系我不是很清楚...

但是我惊奇地发现一个巧合，这个分子里所有原子的这个charge加起来，刚好就等于这个分子的charge耶...

就像韩老师所说的“我统计了一下前八轮的进球和失球总数，惊奇的发现一个巧合，那就是它们刚好一样多。”（ＰＵ～～～什么？你也认为是巧合？）　　
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25楼2010-11-16 15:28:40
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dx357

铜虫 (初入文坛)
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

嗯，是的。是一起作为输入文件的（注意两坐标之间题目前后要有空行）。给你个意见，不用找分子坐标。用高斯view新建，然后复制output分子构型到新建。然后点view file就ok。不知道我表达到位了没。因为是菜鸟。多包涵。
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26楼2010-11-16 17:39:36
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
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Originally posted by dx357 at 2010-11-16 17:39:36:


嗯，是的。是一起作为输入文件的（注意两坐标之间题目前后要有空行）。给你个意见，不用找分子坐标。用高斯view新建，然后复制output分子构型到新建。然后点view file就ok。不知道我表达到位了没。因为是菜鸟 ...

嗯，已经很明白了，我试试看吧，很感谢，谢谢指教。
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27楼2010-11-16 19:56:04
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
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Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

貌似不是吧，你意思是不是 把 SiH2.gjf 中的坐标 和 H2.gjf 中的坐标直接放一起？那还能打开看到图像吗？打开了也是乱的吧......
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28楼2010-12-30 11:02:46
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