应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？
281/1返回列表
查看: 2381  |  回复: 27
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的？ 不是原子坐标？？费解，谢谢！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-11 11:10:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57
貌似是98的格式？
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-11 11:40:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:49
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、寻找、优化过渡态的坐标。。。
至于怎么来的——这应该是最基础的问题，任何一个学生学习gaussian计算，第一课都要学习怎么手写内坐标的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-11 13:49:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

嗯，谢谢，还没算过过渡态，直接由gjf产生的坐标可以吗。尝试中谢谢指导！
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-11 15:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 11:40:15:
貌似是98的格式？

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-11 16:03:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

反应物有两个内坐标可以写在一起吗？
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-11 16:05:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx357

铜虫 (初入文坛)
同惑。。。
回复此楼
7楼2010-11-11 16:39:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-12 11:46:46
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！

qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。
赞一下 回复此楼
8楼2010-11-11 17:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 17:03:54:


qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！
赞一下 回复此楼
9楼2010-11-12 11:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-11 16:39:20:
同惑。。。

我惑很多，希望你能弄明白，帮我解惑！！
赞一下 回复此楼
10楼2010-11-12 11:48:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+1): 2010-11-12 22:26:03
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
coordinations

title

0 1
coordinations

你最开始给的那个结构貌似是98中的一个例子，是内坐标形式，不过和03的不太一样，我试了一下无法识别，可能是格式问题吧。

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-12 at 12:27 ]
赞一下 回复此楼
11楼2010-11-12 12:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

嗯，非常感谢。呵呵是自己太笨了，看了有时也弄不明白。好好学习争取自己能算出过渡态。有困难.....想办法要解决地。
赞一下 回复此楼
12楼2010-11-12 22:25:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx357

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:48:15:

我惑很多，希望你能弄明白，帮我解惑！！

hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2010-11-15 15:53:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

佩服
回复此楼
14楼2010-11-15 15:54:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx357

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-15 15:54:21:

佩服

啊？ 过讲，过讲。
回复此楼
15楼2010-11-15 16:00:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:



hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。然后将其进行过渡态的优化？？说得有些啰嗦不知我表达的意思对不对？？
赞一下 回复此楼
16楼2010-11-15 17:10:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

MM啊，你去看看gaussian手册吧。千万别乱想，千万千万。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2010-11-15 17:11:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.00507
在后面这么多数值，文献报道的一般指其后的哪一个数，以前在小木虫上问过不过没找到答案。谢谢帮忙！！
赞一下 回复此楼
18楼2010-11-15 17:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:14:52:

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.0050 ...

莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...
赞一下(1人) 回复此楼
19楼2010-11-15 17:39:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

呵呵...是的，刚弄明白。
赞一下 回复此楼
20楼2010-11-15 18:41:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx357

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

前面的说的都对，就是到优化后保证还是两个不相连的分子。然后分别要将优化后的反应物和产物（不是有两个输出文件吗，）然后把输出文件的坐标（两个）中间的题目之间用空行隔开形成一新的输入文件，关键词是qst2。找过渡态。
赞一下(1人) 回复此楼
21楼2010-11-16 10:01:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-16 10:01:49:


前面的说的都对，就是到优化后保证还是两个不相连的分子。然后分别要将优化后的反应物和产物（不是有两个输出文件吗，）然后把输出文件的坐标（两个）中间的题目之间用空行隔开形成一新的输入文件，关键词是q ...

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。
赞一下 回复此楼
22楼2010-11-16 11:40:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-15 17:39:41:


莫非不是occ的最后一个和vir的第一个...

nbo计算完成后出来的             Natural  -----------------------------------------------
    Atom  No    Charge         Core      Valence    Rydberg      Total
-----------------------------------------------------------------------
     Al    1    1.11105      

是说Al的电荷为+1.11105au?  这个数值与其价态有什么关系？？
谢谢！！！
没人回复，直接问你吧，谢谢了！！
赞一下 回复此楼
23楼2010-11-16 11:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

是一起作为一个输入文件...

其实我觉得说明书上关于 ts,qst2,qst3 是咋回事已经写得很清楚...
赞一下(1人) 回复此楼
24楼2010-11-16 15:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:47:24:

nbo计算完成后出来的             Natural  -----------------------------------------------
    Atom  No    Charge         Core      Valence    Rydberg      Total
--------------------------------- ...

这个跟Al原子的价态有虾米关系我不是很清楚...

但是我惊奇地发现一个巧合，这个分子里所有原子的这个charge加起来，刚好就等于这个分子的charge耶...

就像韩老师所说的“我统计了一下前八轮的进球和失球总数，惊奇的发现一个巧合，那就是它们刚好一样多。”（ＰＵ～～～什么？你也认为是巧合？）　　
赞一下(1人) 回复此楼
25楼2010-11-16 15:28:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx357

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-16 11:40:10:

反应物是两个，一起优化，优化后找出分子坐标，再和优化后的产物坐标在一起做为一个输出文件，我这样理解你的意思不知对不对？？期待回复。

嗯，是的。是一起作为输入文件的（注意两坐标之间题目前后要有空行）。给你个意见，不用找分子坐标。用高斯view新建，然后复制output分子构型到新建。然后点view file就ok。不知道我表达到位了没。因为是菜鸟。多包涵。
赞一下(1人) 回复此楼
26楼2010-11-16 17:39:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dx357 at 2010-11-16 17:39:36:


嗯，是的。是一起作为输入文件的（注意两坐标之间题目前后要有空行）。给你个意见，不用找分子坐标。用高斯view新建，然后复制output分子构型到新建。然后点view file就ok。不知道我表达到位了没。因为是菜鸟 ...

嗯，已经很明白了，我试试看吧，很感谢，谢谢指教。
赞一下 回复此楼
27楼2010-11-16 19:56:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ludeng8710

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

貌似不是吧，你意思是不是 把 SiH2.gjf 中的坐标 和 H2.gjf 中的坐标直接放一起？那还能打开看到图像吗？打开了也是乱的吧......
赞一下(1人) 回复此楼
28楼2010-12-30 11:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhaoyxcas 的主题更新
281/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程调剂289 +33 yang婷 2026-04-07 34/1700 2026-04-09 11:55 by chran16
[考研] 284求调剂 +4 让我上岸吧阿西 2026-04-09 4/200 2026-04-09 11:52 by 5268321
[考研] 工科 267求调剂 +6 wanwan00 2026-04-02 8/400 2026-04-08 22:09 by 朱云虎202
[考研] 求调剂 +14 张zic 2026-04-05 15/750 2026-04-08 16:14 by 一只好果子?
[硕博家园] 有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410) +3 momo(上岸版) 2026-04-06 6/300 2026-04-08 14:53 by 化学521
[考研] 312 化工或制药调剂 +9 小小墨123 2026-04-02 10/500 2026-04-08 10:30 by screening
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级，数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 考研调剂 +3 Wwwwwww哇 2026-04-06 3/150 2026-04-06 20:55 by lbsjt
[考研] 一志愿武汉理工大学-085601材料工程（专硕）-总分353求调剂 +3 2626262626li 2026-04-02 3/150 2026-04-06 09:08 by 无际的草原
[考研] 一志愿青科085500，初试295分，公共课213分 +3 遇到的人愿望都� 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:45 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
[考研] 283求调剂 +4 mcbbc 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:51 by imissbao
[考研] 298求调剂 +5 zzz，，r 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:55 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +3 ffyyu 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:03 by 蓝云思雨
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 286求调剂 +8 lim0922 2026-04-02 8/400 2026-04-03 20:19 by rzh123456
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭