应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？
51/1返回列表
查看: 2271  |  回复: 27
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的？ 不是原子坐标？？费解，谢谢！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-11 11:10:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-11 17:03:54:


qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标，用谁都可以 无所谓。

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！
赞一下 回复此楼
9楼2010-11-12 11:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 28 个回答

manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57
貌似是98的格式？
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-11 11:40:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:49
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、寻找、优化过渡态的坐标。。。
至于怎么来的——这应该是最基础的问题，任何一个学生学习gaussian计算，第一课都要学习怎么手写内坐标的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-11 13:49:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

嗯，谢谢，还没算过过渡态，直接由gjf产生的坐标可以吗。尝试中谢谢指导！
赞一下 回复此楼
4楼2010-11-11 15:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 28 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +7 陌の森林 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:10 by 功夫疯狂
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +11 柴郡猫_ 2026-03-12 11/550 2026-03-19 09:37 by laoshidan
[基金申请] 国自科面上基金字体 +7 iwuli 2026-03-12 8/400 2026-03-19 08:55 by sjtu2012
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 271材料工程求调剂 +5 .6lL 2026-03-18 5/250 2026-03-19 03:07 by 无懈可击111
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +4 1孙悟空 2026-03-17 4/200 2026-03-18 17:59 by fivewind
[考研] 295求调剂 +3 一志愿京区211 2026-03-18 5/250 2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭