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zhaoyxcas

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[交流] 【求助】过渡态问题分子结构输入部分如何得来？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的？不是原子坐标？？费解，谢谢！！

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1楼2010-11-11 11:10:49

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manson1998

金虫 (著名写手)

zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57

貌似是98的格式？

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2楼2010-11-11 11:40:15

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manson1998

金虫 (著名写手)

zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-12 11:46:46

引用回帖:

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚，分子很大的话也适合用内坐标表示吗？看着很复杂！

qst2是由反应物和产物来计算过渡态的，所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标或者笛卡尔坐标，用谁都可以无所谓。

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8楼2010-11-11 17:03:54

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manson1998

金虫 (著名写手)

zhaoyxcas(金币+1): 2010-11-12 22:26:03

引用回帖:

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-12 11:46:37:

我是说的反应物有两个，SiH2 和H2，这两个均在反应物中，就直接把坐标写在一起吗，是不是由结构直接转换过来的坐标直接紧挨着放在一起。中间不用分割或其他标注。感谢+麻烦！！

建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
coordinations

title

0 1
coordinations

你最开始给的那个结构貌似是98中的一个例子，是内坐标形式，不过和03的不太一样，我试了一下无法识别，可能是格式问题吧。

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-12 at 12:27 ]

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11楼2010-11-12 12:25:53

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manson1998

金虫 (著名写手)

引用回帖:

Originally posted by dx357 at 2010-11-15 15:53:19:

hehe，我也是刚学，问题也很多。就知道反应物中有两个分子，用高斯view构造时，把反应物中两个分子放的足够远，再优化。至于优化后的坐标两个分子就一个内坐标表示的。产物也是这样。

佩服

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14楼2010-11-15 15:54:21

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manson1998

金虫 (著名写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-15 17:10:05:

收益了！您的意思是用GUSSVIEW构筑好两个反应物，放的足够远，优化后应保证还是两个不相连的分子，然后将两个分子作为一个分子找出原子坐标作为起始物。（那直接用笛卡尔坐标不用内坐标也可以吧？）产物优化后。 ...

MM啊，你去看看gaussian手册吧。千万别乱想，千万千万。。。。

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17楼2010-11-15 17:11:49

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