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zhaoyxcas

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[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来?

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的? 不是原子坐标??费解,谢谢!!
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zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-12 11:46:46
引用回帖:
Originally posted by zhaoyxcas at 2010-11-11 16:03:31:

不太清楚,分子很大的话也适合用内坐标表示吗?看着很复杂!

qst2是由反应物和产物来计算过渡态的,所以输入文件里当然包含了两个分子的坐标。例子里分的很清楚用不同的title card隔开了。至于内坐标 或者 笛卡尔坐标,用谁都可以 无所谓。
8楼2010-11-11 17:03:54
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zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57
貌似是98的格式?
2楼2010-11-11 11:40:15
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)


zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:49
当然是坐标,只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标,而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的,所以分别给了反应物和产物两套坐标,让gaussian根据提供的情况去猜测、寻找、优化过渡态的坐标。。。
至于怎么来的——这应该是最基础的问题,任何一个学生学习gaussian计算,第一课都要学习怎么手写内坐标的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]
3楼2010-11-11 13:49:43
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zhaoyxcas

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引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标,只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标,而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的,所以分别给了反应物和产物两套坐标,让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

嗯,谢谢,还没算过过渡态,直接由gjf产生的坐标可以吗。尝试中谢谢指导!
4楼2010-11-11 15:51:26
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