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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】过渡态问题 分子结构输入部分如何得来？

%mem=64mb
#p RHF/6-31G(d) Opt=QST2

SiH2 + H2 --> SiH4 Reactants

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=2.0
A1=80.0
A2=22.0

SiH2 + H2 --> SiH4 Products

0,1
Si
X 1 1.0
H 1 1.48 2 55.0
H 1 1.48 2 55.0 3 180.0
H 1 R 2 A1 3 90.0
H 1 R 5 A2 2 180.0

R=1.48
A1=125.2
A2=109.5
分子结构输入部分怎么得来的？ 不是原子坐标？？费解，谢谢！！
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1楼 2010-11-11 11:10:49
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-11-12 12:25:53:


建议你google一下qst2在gv下的实现操作，或者看一下gv的手册。gv是直接可以保存为qst2型输入文件的。
当然你也可以将你认为符合qst2要求的两个分子的坐标手动添加到文本里，格式就是
#

title

0 1
co ...

顺道，问个其它问题，homo及lumo的能量如log文件中的Alpha  occ. eigenvalues --   -0.22223  -0.21668  -0.16484  -0.15357
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05149  -0.01632  -0.00178   0.00071   0.00507
在后面这么多数值，文献报道的一般指其后的哪一个数，以前在小木虫上问过不过没找到答案。谢谢帮忙！！
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18楼2010-11-15 17:14:52
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manson1998

金虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:57
貌似是98的格式？
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2楼2010-11-11 11:40:15
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
zhaoyxcas(金币+3): 2010-11-11 16:05:49
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、寻找、优化过渡态的坐标。。。
至于怎么来的——这应该是最基础的问题，任何一个学生学习gaussian计算，第一课都要学习怎么手写内坐标的。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-11-11 at 13:50 ]
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3楼2010-11-11 13:49:43
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-11-11 13:49:43:
当然是坐标，只不过不是你通常看到的笛卡尔坐标，而是内坐标。也就是用键长、键角、二面角来描述的分子坐标。
由于是用QST2方式找过渡态的，所以分别给了反应物和产物两套坐标，让gaussian根据提供的情况去猜测、 ...

嗯，谢谢，还没算过过渡态，直接由gjf产生的坐标可以吗。尝试中谢谢指导！
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4楼2010-11-11 15:51:26
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