应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd 密度控制
51/1返回列表
查看: 800  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】namd 密度控制 已有5人参与

本人是一新手，先正模仿一遍文献，做水在cnt中的md，文献中要求密度恒定，不知如何解决
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-11-10 10:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-11-17 08:51:03:
n=N/V，按定义应该是N和V是常数，那么密度为常数。所以真正的密度恒定应该是在NVT系综下实现的。然而模拟一般不可能一开始就达到想要的某一密度，所以先用NPT平衡调控到想要的密度平均值附近，然后转到NVT下模拟。 ...

如果我做的是水在cnt中的MD，要控制水的密度，如何实现。再如果不控制密度，要做出密度与其他量的坐标图，如管子半径、温度，又该如何实现。问题有点多啊，麻烦您了，谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-01 20:52:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

sjnyongle

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-16 14:01:46
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-15 17:45:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 17:45:32:
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！

谢谢
回复此楼
3楼2010-11-16 21:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-17 13:03:32
n=N/V，按定义应该是N和V是常数，那么密度为常数。所以真正的密度恒定应该是在NVT系综下实现的。然而模拟一般不可能一开始就达到想要的某一密度，所以先用NPT平衡调控到想要的密度平均值附近，然后转到NVT下模拟。除非你的“密度”不是体系的密度，那另说了。
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 17:45:32:
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！

[ Last edited by gzgzgz on 2010-11-17 at 08:55 ]
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-11-17 08:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭