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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd 密度控制
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】namd 密度控制 已有5人参与

本人是一新手，先正模仿一遍文献，做水在cnt中的md，文献中要求密度恒定，不知如何解决
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1楼 2010-11-10 10:54:12
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-16 14:01:46
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！
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2楼2010-11-15 17:45:32
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 17:45:32:
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！

谢谢
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3楼2010-11-16 21:33:48
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-17 13:03:32
n=N/V，按定义应该是N和V是常数，那么密度为常数。所以真正的密度恒定应该是在NVT系综下实现的。然而模拟一般不可能一开始就达到想要的某一密度，所以先用NPT平衡调控到想要的密度平均值附近，然后转到NVT下模拟。除非你的“密度”不是体系的密度，那另说了。
引用回帖:
Originally posted by sjnyongle at 2010-11-15 17:45:32:
密度恒定，就是要求在NPT系综下进行模拟，水在CNT中的模拟NAMD有个tutorial.你可以看一下！

[ Last edited by gzgzgz on 2010-11-17 at 08:55 ]
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4楼2010-11-17 08:51:03
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sjnyongle

金虫 (小有名气)
受教了，谢谢！
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5楼2010-11-17 10:18:00
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girljxj

新虫 (小有名气)
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zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-18 23:22:49
请问怎样才能在NPT条件下调控到目的密度的大概值？如果p固定，不是要在模拟过程中改变体积来达到压力的平衡吗？
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6楼2010-11-18 18:16:17
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席月调琴

新虫 (初入文坛)

还是密度问题——虔心求教

★
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NAMD模拟中，如果指定密度计算，怎么进行啊？比如计算体系的密度在0.001g/ml。多谢各位前辈
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7楼2010-11-28 20:13:24
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ouczhouyi

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-11-17 08:51:03:
n=N/V，按定义应该是N和V是常数，那么密度为常数。所以真正的密度恒定应该是在NVT系综下实现的。然而模拟一般不可能一开始就达到想要的某一密度，所以先用NPT平衡调控到想要的密度平均值附近，然后转到NVT下模拟。 ...

如果我做的是水在cnt中的MD，要控制水的密度，如何实现。再如果不控制密度，要做出密度与其他量的坐标图，如管子半径、温度，又该如何实现。问题有点多啊，麻烦您了，谢谢
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8楼2010-12-01 20:52:03
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★
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根据V=N/n，你可以算出你需要密度的盒子的体积吧？模拟程序一般会输出盒子大小改变的三维信息，自己可以算V=x*y*z.
引用回帖:
Originally posted by girljxj at 2010-11-18 18:16:17:
请问怎样才能在NPT条件下调控到目的密度的大概值？如果p固定，不是要在模拟过程中改变体积来达到压力的平衡吗？

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9楼2010-12-02 01:13:38
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Av=6.02*1E-23
MW =  molecular weight, for example:  CH4 = 16 g/Mol
No. of molecules in 0.001 g = (0.001*Av/MW)
1mL = (0.01*1E10)^3 = 1E-24 Ang^3
n = (0.001*Av/MW) / (1E-24) = (1E21*Av/MW)   

所以，如果你有N个分子参与模拟，则要把你的体系体积控制在 N/n .
引用回帖:
Originally posted by 席月调琴 at 2010-11-28 20:13:24:
NAMD模拟中，如果指定密度计算，怎么进行啊？比如计算体系的密度在0.001g/ml。多谢各位前辈

[ Last edited by gzgzgz on 2010-12-2 at 01:29 ]
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10楼2010-12-02 01:22:58
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