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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内
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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内 已有6人参与

结构优化之后，原子跑到了邻近的单胞内，虽然只是沿着lattice vector 移动一下，并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看，另外，我想研究原子在表面的扩散，这需要将初始和最终原子坐标对齐。
vasp 里能不能在优化结构的时候不去移动原子到隔壁的单胞内？
非常感谢！
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1楼 2010-11-08 11:40:55
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
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bingmou(金币+1):感谢交流 2010-11-08 18:17:30
画图的时候把他按照周期性边界条件拉回晶胞内不久行了吗？
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2楼2010-11-08 17:08:15
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
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ym23(金币+1):谢谢交流 2010-11-08 23:26:12
不能在这方面加以限制，这样就不真实了。就是画图的时候处理一下就可以
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心之所向无惧无悔
3楼2010-11-08 18:37:20
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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)
★
bingmou(金币+1):感谢交流 2010-11-11 14:48:23
以前用老板自己写的程序，可以选择固定不固定原胞中的原子的序号
现在转用vasp做扩散，看来是没有这个功能了
只能自己注意原子的对齐了
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4楼2010-11-11 06:57:11
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★ ★
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youzhizhe(金币+1):谢谢交流 2010-11-11 16:32:36
引用回帖:
Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-08 11:40:55:
结构优化之后，原子跑到了邻近的单胞内，虽然只是沿着lattice vector 移动一下，并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看，另外，我想研究原子在表面的扩散，这需要将初始和最终原子坐标对齐。
vasp 里能不能在 ...

是呀 我也遇到这种情况，用NEB做过渡态时还得把原子按分数坐标调到同一个格子里，甚是麻烦！
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5楼2010-11-11 14:35:04
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haowenping

木虫 (著名写手)
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mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-14 15:33:01
引用回帖:
Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-08 11:40:55:
结构优化之后，原子跑到了邻近的单胞内，虽然只是沿着lattice vector 移动一下，并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看，另外，我想研究原子在表面的扩散，这需要将初始和最终原子坐标对齐。
vasp 里能不能在 ...

这个应该是你在优化晶格常数的时候，为了找到能量最低态的时候发生的，你如果想保持哪个原子坐标不变要在优化晶格常数的时候，改变EN.sh 脚本
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人有多大胆，地有多大产！
6楼2010-11-14 13:10:33
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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by haowenping at 2010-11-14 13:10:33:

这个应该是你在优化晶格常数的时候，为了找到能量最低态的时候发生的，你如果想保持哪个原子坐标不变要在优化晶格常数的时候，改变EN.sh 脚本

EN.sh 是什么？
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7楼2010-11-15 12:22:36
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haowenping

木虫 (著名写手)
★ ★
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bingmou(金币+1):感谢提示 2010-11-15 19:06:49
引用回帖:
Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-15 12:22:36:



EN.sh 是什么？

它是一个脚本，就是你做优化晶格常数的时候的脚本，
#!/bash/sh
for i in 0.92 0.94 0.96 0.98 1.00 1.02 1.04 1.06 1.08 1.10
do
a=`echo"scale=16;2.130/$i"bc`
b=`echo"scale=16;1.229/$i"bc`
cat >POSCAR< gra           
$i                        
     $a                                $b                               0.0000000000000000
     0.0000000000000000    2.4599988460540771    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    18.3999996185302734
   C
   2
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1847826086956488   T   T   T
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.1847826086956488   T   T   T

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
!

echo "POSCAR=$i"
time mpirun -np 2 vaspmpi
E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1| cut -c32-42`
echo $i $E >>Etot.dat
donegra           
1.00                        
     2.1304216384887695    1.2299994230270386    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    2.4599988460540771    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    18.3999996185302734
   C
   2
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1847826086956488   T   T   T
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.1847826086956488   T   T   T

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
运行最上面的脚本表示2.1304216384887695    1.2299994230270386    0.0000000000000000 原子中的前2个坐标表示不动！
POSCAR内容如下：
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人有多大胆，地有多大产！
8楼2010-11-15 12:51:15
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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)
多谢，这种方式对某些情况是可以的。 我的计算不光要优化晶格常数，还要优化原胞内原子坐标位置
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9楼2010-11-15 22:53:22
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张永超1314

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by xianggui7895 at 2010-11-08 17:08:15
画图的时候把他按照周期性边界条件拉回晶胞内不久行了吗？

怎样按周期性边界条件啊？？？是把坐标加上某个数值吗  求指教
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10楼2014-03-15 15:48:37
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