| 查看: 3019 | 回复: 9 | |||
skyscorpioa新虫 (初入文坛)
|
[交流]
【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内 已有6人参与
|
|
结构优化之后，原子跑到了邻近的单胞内，虽然只是沿着lattice vector 移动一下，并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看，另外，我想研究原子在表面的扩散，这需要将初始和最终原子坐标对齐。 vasp 里能不能在优化结构的时候不去移动原子到隔壁的单胞内？ 非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有27人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有27人回复
-
300求调剂
已经有12人回复
-
291求调剂
已经有10人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有12人回复
-
生物学调剂
已经有10人回复
-
320求调剂
已经有5人回复
-
接受任何调剂
已经有7人回复
-
化学070300 求调剂
已经有29人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了
已经有16人回复
- 在vasp计算里，有没有好的只优化原子位置和晶胞体积的方法？
已经有8人回复
- 用Siesta进行掺杂后的结构优化时，为什么作用在每个原子上的力是振荡的？
已经有5人回复
- MS 32原子金属体系结构优化问题求助
已经有4人回复
- vasp进行固定某些原子的某些坐标的结构优化
已经有5人回复
- 如何 用高斯 固定部分原子 进行优化
已经有4人回复
- 【求助】人工设定配合物中金属原子自旋态进行结构优化结算
已经有6人回复
- 【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗？
已经有5人回复
- 【求助完毕】VASP结构优化时离子步原子是如何移动的？
已经有6人回复
- 【求助】在结构优化时怎样固定大量原子？
已经有5人回复
- 【求助成功】从原胞到表面吸附结构,一套完整的计算,怎么规划优化?
已经有12人回复
xianggui7895
银虫 (小有名气)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 442.1
- 散金: 44
- 红花: 4
- 帖子: 190
- 在线: 53.4小时
- 虫号: 980738
- 注册: 2010-03-24
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
2楼2010-11-08 17:08:15
sunyang1988
至尊木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 0.984
- 金币: 9397.7
- 散金: 1593
- 红花: 23
- 沙发: 1
- 帖子: 1744
- 在线: 1255.8小时
- 虫号: 965316
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2010-11-08 18:37:20
skyscorpioa
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 529.9
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 38
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1089120
- 注册: 2010-09-04
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2010-11-11 06:57:11
5楼2010-11-11 14:35:04
haowenping
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2330.2
- 散金: 384
- 红花: 5
- 帖子: 1104
- 在线: 244.5小时
- 虫号: 1124850
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2010-11-14 13:10:33
skyscorpioa
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 529.9
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 38
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1089120
- 注册: 2010-09-04
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2010-11-15 12:22:36
haowenping
木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2330.2
- 散金: 384
- 红花: 5
- 帖子: 1104
- 在线: 244.5小时
- 虫号: 1124850
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢提示 2010-11-15 19:06:49
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢提示 2010-11-15 19:06:49
|
它是一个脚本，就是你做优化晶格常数的时候的脚本， #!/bash/sh for i in 0.92 0.94 0.96 0.98 1.00 1.02 1.04 1.06 1.08 1.10 do a=`echo"scale=16;2.130/$i"bc` b=`echo"scale=16;1.229/$i"bc` cat >POSCAR< gra $i $a $b 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734 C 2 Selective dynamics Direct 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1847826086956488 T T T 0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.1847826086956488 T T T 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 ! echo "POSCAR=$i" time mpirun -np 2 vaspmpi E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1| cut -c32-42` echo $i $E >>Etot.dat donegra 1.00 2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734 C 2 Selective dynamics Direct 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1847826086956488 T T T 0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.1847826086956488 T T T 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 运行最上面的脚本表示2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000 原子中的前2个坐标表示不动！ POSCAR内容如下： |
8楼2010-11-15 12:51:15
skyscorpioa
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 529.9
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 38
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1089120
- 注册: 2010-09-04
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2010-11-15 22:53:22
10楼2014-03-15 15:48:37
