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skyscorpioa新虫 (初入文坛)
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【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内 已有6人参与
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结构优化之后，原子跑到了邻近的单胞内，虽然只是沿着lattice vector 移动一下，并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看，另外，我想研究原子在表面的扩散，这需要将初始和最终原子坐标对齐。 vasp 里能不能在优化结构的时候不去移动原子到隔壁的单胞内？ 非常感谢！ |
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haowenping
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢提示 2010-11-15 19:06:49
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它是一个脚本，就是你做优化晶格常数的时候的脚本， #!/bash/sh for i in 0.92 0.94 0.96 0.98 1.00 1.02 1.04 1.06 1.08 1.10 do a=`echo"scale=16;2.130/$i"bc` b=`echo"scale=16;1.229/$i"bc` cat >POSCAR< gra $i $a $b 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734 C 2 Selective dynamics Direct 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1847826086956488 T T T 0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.1847826086956488 T T T 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 ! echo "POSCAR=$i" time mpirun -np 2 vaspmpi E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1| cut -c32-42` echo $i $E >>Etot.dat donegra 1.00 2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734 C 2 Selective dynamics Direct 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.1847826086956488 T T T 0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.1847826086956488 T T T 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 运行最上面的脚本表示2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000 原子中的前2个坐标表示不动！ POSCAR内容如下： |
8楼2010-11-15 12:51:15
xianggui7895
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