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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内 已有6人参与

结构优化之后,原子跑到了邻近的单胞内,虽然只是沿着lattice vector 移动一下,并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看,另外,我想研究原子在表面的扩散,这需要将初始和最终原子坐标对齐。
vasp 里能不能在优化结构的时候不去移动原子到隔壁的单胞内?
非常感谢!
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+1):谢谢交流 2010-11-11 16:32:36
引用回帖:
Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-08 11:40:55:
结构优化之后,原子跑到了邻近的单胞内,虽然只是沿着lattice vector 移动一下,并不改变系统的性质。但画图的时候不太好看,另外,我想研究原子在表面的扩散,这需要将初始和最终原子坐标对齐。
vasp 里能不能在 ...

是呀 我也遇到这种情况,用NEB做过渡态时还得把原子按分数坐标调到同一个格子里,甚是麻烦!
5楼2010-11-11 14:35:04
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xianggui7895

银虫 (小有名气)

★ ★
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bingmou(金币+1):感谢交流 2010-11-08 18:17:30
画图的时候把他按照周期性边界条件拉回晶胞内不久行了吗?
2楼2010-11-08 17:08:15
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
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ym23(金币+1):谢谢交流 2010-11-08 23:26:12
不能在这方面加以限制,这样就不真实了。就是画图的时候处理一下就可以
心之所向无惧无悔
3楼2010-11-08 18:37:20
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skyscorpioa

新虫 (初入文坛)


bingmou(金币+1):感谢交流 2010-11-11 14:48:23
以前用老板自己写的程序,可以选择固定不固定原胞中的原子的序号
现在转用vasp做扩散,看来是没有这个功能了
只能自己注意原子的对齐了
4楼2010-11-11 06:57:11
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