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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs
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我是胖胖熊

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】gromacs

大虾们，各位做gromacs的时候，通常都加入什么力场呀?请各位指点迷津！谢谢先啦！
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1楼2010-11-06 16:54:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
我是胖胖熊(金币+3):在线的派生的我试过了，很麻烦而且不能高通量呀！我看看能不能把新的charmm放到gmx中，谢谢啦！ 2010-11-08 10:29:20
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-08 12:52:51
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-11-07 13:54:06:
力场的加入是和你的模拟目的相关的，不同的模拟对象适用不同的力场，比如生物体系，主要用的是AMBER,CHARMM,GROMOS(最新的GMX4.5加入了前两种力场），其他体系的可以尝试opls-aa等力场，结合你看的相关文献上用了 ...

NADPH或者NADH都是小分子，一般都是用PRODRG在线派生出top文件的，你可以再查查看，最新的charmm力场里有，以前用NAMD的时候接触过，但是GMX里只有charmm27,具体的我也不是特别清楚~俺自己的酶体系既有金属又有辅酶，是个很纠结的体系啊~哈哈
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3楼2010-11-07 20:54:31
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
我是胖胖熊(金币+3):我的辅酶是NADPH，貌似用gmx4.5中的所有力场都不适用，找了几篇文献，好像都没有描述，我再看看，谢谢啦！ 2010-11-07 20:49:07
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-08 12:52:43
力场的加入是和你的模拟目的相关的，不同的模拟对象适用不同的力场，比如生物体系，主要用的是AMBER,CHARMM,GROMOS(最新的GMX4.5加入了前两种力场），其他体系的可以尝试opls-aa等力场，结合你看的相关文献上用了什么力场来参考比问其他人来的准确~毕竟还是你最了解你的研究对象~
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2楼2010-11-07 13:54:06
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