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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR产物直接测序，怎么找不到引物？
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR产物直接测序，怎么找不到引物？ 已有7人参与

我测了几组PCR产物序列，得到的比实际的少不少bp，找不到引物，怎么回事？
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不在沉默中爆发，就在沉默着死亡！
1楼 2010-11-04 21:57:16
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
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又不是克隆测序，怎么可能找到引物。
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2楼2010-11-04 22:55:27
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★ ★
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dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-11-05 08:40:39
要看你片段大小，小于一个测序反应的最高限的长度，还可以看到另一端的引物序列，如果太长（大于1K），就不可能了。
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3楼2010-11-05 00:25:30
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hkfgwww

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
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dhd997(金币+2):谢谢交流。 2010-11-05 08:40:49
如果是通用引物（根据载体设计）测序，可以看到自己设计的引物序列（根据目的基因设计）。如果使用的是自己设计的引物序列（根据目的基因设计），自然看不到引物序列了。
测序的原理是引物下一个碱基开始测定。
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微生物发酵
4楼2010-11-05 02:13:25
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guixiaohua

禁虫 (小有名气)
★
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本帖内容被屏蔽
5楼2010-11-05 11:49:24
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magy2006

木虫 (著名写手)
★
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5楼的朋友说的对，刚开始一小段序列是测不出来的，可以说是乱测，而你的引物就在这里，自然也找不到了
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6楼2010-11-05 14:55:43
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
★
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直接测序嘛，
给测序公司忙去呗
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
7楼2010-11-05 18:14:09
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taigongzaici

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guixiaohua at 2010-11-05 11:49:24:
问题很简单啊，测序有30-40左右不准，PCR产物去测序，你引物刚好在这个区域，就没有你的引物啊，你要是连接其他载体上，再利用通用引物去测，就会有你的引物序列了。

说得对
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8楼2010-11-05 20:36:11
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★ ★
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dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-11-06 09:37:54
5,6,8楼说法是错误的，看看4楼的说法，PCR产物直接测序是从引物后的第一个碱基开始的，然后引物后的前30个碱基是测不准的，所以你是不可能看到你的测序引物的。但如果你的片段比较短的话，小于500bp，那么应该可以看到另一头的引物。
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9楼2010-11-06 00:14:02
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by guixiaohua at 2010-11-05 11:49:24:
问题很简单啊，测序有30-40左右不准，PCR产物去测序，你引物刚好在这个区域，就没有你的引物啊，你要是连接其他载体上，再利用通用引物去测，就会有你的引物序列了。

错误的理解，不是不准，是引物序列本来就是测序引物，根本就没测。
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10楼2010-11-06 00:16:16
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