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superadeel

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】土壤细菌多样性,引物F357GC R518 PCR老是出问题,求救! 已有6人参与

做土壤细菌多样性时,提的DNA用F357-GC和R518跑PCR ,能扩出来,但是条带很宽,很模糊,后续DGGE切胶,也是P出来很模糊,测序测不出来。

请问哪位大侠做过,经验分享一下,不胜感激。按理来说这个应该很容易做出来,不知道到我这里出了什么问题。

25ul体系:mix  12.5ul, 引物(10UM)各0.5uL,水10.5ul,模板1uL。(用Takara Ex tap 酶体系也做过)

程序:用touchdown,94度6分钟,94度1分钟,65-55度45秒(一循环降0.5度),72度45秒,20循环。后15个循环是94度1分钟,55度45秒,72度45秒。最后延伸10分钟。

[ Last edited by superadeel on 2010-9-28 at 16:58 ]
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhang226296 at 2014-03-18 14:01:23
我也做了一个月了,请教做DGGE必须是现扩先用吗,如果-20储存了几天会有影响吗,我的总是跑不开,是胶浓度有问题还是PCR产物有问题啊,求赐教...

最好是现扩现用,保存几天后效果可能会差。
跑不开应该是胶的问题。
可以上图,大家看一下。
11楼2014-03-28 10:44:51
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tsq0126

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
急切看到回复,我也是遇到相同的问题,哪位做过的仁兄给点建议和意见
2楼2010-09-28 17:06:31
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superadeel

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2010-09-28 17:06:31:
急切看到回复,我也是遇到相同的问题,哪位做过的仁兄给点建议和意见

你是哪里的?
3楼2010-09-28 20:20:43
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流


扩增出这样的产物就可以做DGGE了。再试试,DNA多加一些,用2 uL。
4楼2010-09-29 11:10:30
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