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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接，却找不到对接位点，为何呢？
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arong9368

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接，却找不到对接位点，为何呢？已有2人参与

有没有人用DS的 CDOCKER模块分子对接呢？最近我在实验的一些黄酮类小分子与一种酶进行分子对接，却怎么也找不到对接位点，请问高人，这问题出在哪呢？
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1楼2010-09-22 09:47:11
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笨笨春夏秋冬

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
arong9368(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:21:14
一个方法你可以试试，先把这种酶和其他配体的结晶复合物下载下来，用sybyl打开，再定义配体所在位置为活性位点，然后将配体从复合物中拿出来，这样活性位点就找到了
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科研能够开心吗？
20楼2013-02-27 21:51:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-29 10:25:20
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:03:05:

楼上的回答让我觉得孤陋寡闻了~一直以为GOLD是CCDC的~DS的是CDOCKER和zdock以及ligandfit.....

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？
3. 有没有相关文献报道这类酶结合其它底物的活性位点？这也可以作为参考
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6楼2010-09-25 20:58:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
arong9368(金币+5): 2010-09-26 11:31:33
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-09-29 10:25:32
引用回帖:
Originally posted by arong9368 at 2010-09-25 22:54:45:

谢谢你，回答的真细心。我查过了，没有找到相关的文章，但是老师让我分析0pose的原因，我刚接触，怎么整也没整明白，所以就上来求助了。我想问一下，你觉不觉的DS好像比较适合那种具有球形的结合空腔的蛋白质的 ...

呵呵~就是个人的一点意见而已，如果有条件的话
1利用实验验证黄酮类物质能否与酶反应.
2.如果你不确定酶的结合位点，你可以利用诸如Autodock和MVD之类的软件，将对接区域设定成整个蛋白，然后查看对接后的构象.
3.如果你的底物结构是自己绘制的，可以在PRODRG或是CHEM3D中优化一下.
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10楼2010-09-26 07:38:41
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-26 19:35:55
又见ZH，不过分析的真是很细
我也劝楼主先证明可以结合
对接只是一种验证手段，不能拿对接的结果当你的实验结果
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14楼2010-09-26 12:47:28
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iovvoi

金虫 (小有名气)
★
arong9368(金币+1): 谢谢参与
1，先看一下配体是否进行能量最小化，结构是否合理？
2，是否受体和配体都添加立场
3，是否产生多构象
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21楼2013-03-14 15:35:26
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普通回帖

arong9368

金虫 (正式写手)
没人回答呢，沉下去了？自己顶起来！
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2楼2010-09-25 12:17:34
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-25 16:20:43
arong9368(金币+1):谢谢你，第一个帮我顶起帖子的 2010-09-26 11:36:04
你确定此种酶和黄酮类小分子能够作用的么？，可以的话肯定能找到活性口袋进行相互对接的。再试试吧
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2010-09-25 14:49:49
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢~ 2010-09-25 19:50:47
用DS里面的Gold试试，精度高些。
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4楼2010-09-25 16:31:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
arong9368(金币+3):你比较熟悉这个软件吧，能否帮我分析下状况出在哪里，该怎么弄呢？谢谢谢谢谢 2010-09-25 20:42:56
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-29 10:25:11
引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-09-25 16:31:26:
用DS里面的Gold试试，精度高些。

楼上的回答让我觉得孤陋寡闻了~一直以为GOLD是CCDC的~DS的是CDOCKER和zdock以及ligandfit.....
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5楼2010-09-25 20:03:05
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arong9368

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:58:35:

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？ ...

谢谢你，回答的真细心。我查过了，没有找到相关的文章，但是老师让我分析0pose的原因，我刚接触，怎么整也没整明白，所以就上来求助了。我想问一下，你觉不觉的DS好像比较适合那种具有球形的结合空腔的蛋白质的分子对接呢？
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7楼2010-09-25 22:54:45
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
arong9368(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:58:35:

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？ ...

嗯，考虑的很细。赞一个。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-09-25 23:05:53
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zhzimi_2007

木虫 (职业作家)
★
arong9368(金币+1):谢谢参与
帮顶！！
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9楼2010-09-25 23:11:50
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