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arong9368

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接,却找不到对接位点,为何呢?已有2人参与

有没有人用DS的 CDOCKER模块分子对接呢?最近我在实验的一些黄酮类小分子与一种酶进行分子对接,却怎么也找不到对接位点,请问高人,这问题出在哪呢?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-29 10:25:20
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:03:05:

楼上的回答让我觉得孤陋寡闻了~一直以为GOLD是CCDC的~DS的是CDOCKER和zdock以及ligandfit.....

楼主的问题不在软件上,而在于你对你的体系不是太了解:
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合?别人提及的活性位点为何?
3. 有没有相关文献报道这类酶结合其它底物的活性位点?这也可以作为参考
6楼2010-09-25 20:58:35
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arong9368

金虫 (正式写手)

没人回答呢,沉下去了?自己顶起来!
想自己所想,做自己该做!知道满足,学会放弃!不再拖延……
2楼2010-09-25 12:17:34
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-25 16:20:43
arong9368(金币+1):谢谢你,第一个帮我顶起帖子的 2010-09-26 11:36:04
你确定此种酶和黄酮类小分子能够作用的么?,可以的话肯定能找到活性口袋进行相互对接的。再试试吧
√:寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2010-09-25 14:49:49
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nh13

木虫 (正式写手)

★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢~ 2010-09-25 19:50:47
用DS里面的Gold试试,精度高些。
4楼2010-09-25 16:31:26
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