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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】救助关于DS药效团的几个问题
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titanheart

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】救助关于DS药效团的几个问题

1.用DS建立小分子数据库之前，需要对小分子进行处理么？我直接用下载的SDF文件建立的。

2.用训练集构建药效团之前，是否需要预处理？先前问过相似的问题，仍有些疑问：
   用同样的训练集分子，用Ligand Minimization分配立场和能量最小化后，
   建立药效团的hypo1 与未经处理的训练集构建的药效团相比，几项指标都有提高（totalcost变小 rmsd变小 correl变大。。。 ）
   产生这种变化的原因是什么呢？构建药效团前，是否可以给配体分配立场和能量最小化

3.测试集的相关系数r是如何计算的？
   参考了下面网址的方法：https://community.accelrys.com/message/1617#1617 但是出现了和楼主相同的问题。。。

4.DS和Catalyst在构建药效团上有什么不同？查了一下，绝大多数的文献用的都是Catalyst，不会因为软件价格原因吧。。。


求助各位~~~~~~高手出马啊~~~
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1楼 2010-09-15 10:32:20
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
titanheart(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-09-17 18:49:45
titanheart(金币+1):转成3D结构后，能量最小化的依据是什么啊？ 2010-09-17 21:41:28
需要将SDF转成3D结构，catalyst是早期版本，所以用的多，现不再推新版本了，都整合到DS中了。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-09-17 18:36:30
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★ ★ ★ ★
titanheart(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-09-17 13:22:35
titanheart(金币+1):DS要有多贵啊，没什么概念，O(∩_∩)O~ 2010-09-17 21:39:19
对于小分子的SDF文件用DS处理，可以先进性优化的，可优化的选项很多，你可以选择，DS这种商业的软件的价格不是很多机构和个人能买得起的，所以我想有价格的原因在里面。
赞一下(2人) 回复此楼
√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
2楼2010-09-17 13:04:40
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