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titanheart

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】救助关于DS药效团的几个问题

1.用DS建立小分子数据库之前，需要对小分子进行处理么？我直接用下载的SDF文件建立的。

2.用训练集构建药效团之前，是否需要预处理？先前问过相似的问题，仍有些疑问：
用同样的训练集分子，用Ligand Minimization分配立场和能量最小化后，
建立药效团的hypo1 与未经处理的训练集构建的药效团相比，几项指标都有提高（totalcost变小 rmsd变小 correl变大。。。）
产生这种变化的原因是什么呢？构建药效团前，是否可以给配体分配立场和能量最小化

3.测试集的相关系数r是如何计算的？
参考了下面网址的方法：https://community.accelrys.com/message/1617#1617 但是出现了和楼主相同的问题。。。

4.DS和Catalyst在构建药效团上有什么不同？查了一下，绝大多数的文献用的都是Catalyst，不会因为软件价格原因吧。。。

求助各位~~~~~~高手出马啊~~~

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1楼2010-09-15 10:32:20

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