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zj0726

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】简并引物设计

各位高手，能否告知如何用GENEFISHER或codehop设计简并引物呀~我应经快疯了~老是设计不出来！

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1楼 2010-09-11 16:50:27

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hraikeyan

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

175147楼: Originally posted by sai00fuji at 2010-09-11 21:09:17
codehop我用过，感觉挺好用的，你是哪里出了问题啊？

请问用codehop设计出来引物后，出现很多引物，该怎么选择取舍呢？
例如：

D  G  P  L  A  G  R  R  V  A  I  K  D  N  V  M  V  A  G  V  P  M  M  N  G  S
                                                CCGGCGTGCCCatghtnaaygg -3'  Core: degen=24 len=11  Clamp: score=73, len=11 temp= 63.2
                                                GGCCGGCGTGCCnatghtnaayg -3'  Core: degen=96 len=11  Clamp: score=80, len=12 temp= 60.5
                                                GGCCGGCGTGccnatghtnaa -3'  Core: degen=48 len=11  Clamp: score=72, len=10 temp= 60.5
                                       GTCATGGTGGCCGGCrtnccnatght -3'  Core: degen=96 len=11  Clamp: score=71, len=15 temp= 60.6
            GGCAGGAGGGTGGCCntnaargayaa -3'  Core: degen=64 len=11  Clamp: score=57, len=15 temp= 61.2