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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】简并引物设计
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zj0726

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】简并引物设计

各位高手，能否告知如何用GENEFISHER或codehop设计简并引物呀~我应经快疯了~老是设计不出来！
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1楼 2010-09-11 16:50:27
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Lee_Py

银虫 (小有名气)
我以前设计用的是Primer 5.0
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2楼2010-09-11 17:16:51
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sai00fuji

金虫 (正式写手)
codehop我用过，感觉挺好用的，你是哪里出了问题啊？
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3楼2010-09-11 21:09:17
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zj0726

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sai00fuji at 2010-09-11 21:09:17:
codehop我用过，感觉挺好用的，你是哪里出了问题啊？

压根就设计不出引物呀!靶序列输进去后，说没有引物呢
是在不晓得怎么用了。能不能告诉我该怎么用这个软件呀？
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4楼2010-09-12 12:09:23
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sai00fuji

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zj0726 at 2010-09-12 12:09:23:

压根就设计不出引物呀!靶序列输进去后，说没有引物呢
是在不晓得怎么用了。能不能告诉我该怎么用这个软件呀？

呵呵，要将蛋白比对结果提交到CODEHOP服务器进行运算，直接提交靶序列当然没有引物。。。。
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5楼2010-09-15 20:34:43
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szylnl

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我是有一些蛋白肽段，想设计这些肽段的简并引物，这怎么比对啊？？？
谢谢您了
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用百分之百的努力去做每件事
6楼2011-04-27 19:14:11
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szylnl

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sai00fuji at 2010-09-15 20:34:43:
呵呵，要将蛋白比对结果提交到CODEHOP服务器进行运算，直接提交靶序列当然没有引物。。。。

我是有一些蛋白肽段，想设计这些肽段的简并引物，这怎么比对啊？？？
谢谢您了
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用百分之百的努力去做每件事
7楼2011-04-27 19:14:30
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love_st

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): good！ 2011-04-28 15:13:24
我的做法是先比对出来，然后拿其中的一条序列用oligo6进行引物设计，最后把相应的简并点添上
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8楼2011-04-28 12:46:14
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ample1007

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
接着问一下，如何用oligo 6检验引物呢，还有如何进行模拟pcr呢，怎么就能把简并点加上呢？
谢谢，不知道的东西真是太多了。
请不吝赐教！
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9楼2012-09-02 09:30:03
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hraikeyan

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
175147楼: Originally posted by sai00fuji at 2010-09-11 21:09:17
codehop我用过，感觉挺好用的，你是哪里出了问题啊？

请问用codehop设计出来引物后，出现很多引物，该怎么选择取舍呢？
例如：

D  G  P  L  A  G  R  R  V  A  I  K  D  N  V  M  V  A  G  V  P  M  M  N  G  S  
                                                    CCGGCGTGCCCatghtnaaygg -3'  Core: degen=24 len=11  Clamp: score=73, len=11 temp= 63.2
                                                  GGCCGGCGTGCCnatghtnaayg -3'  Core: degen=96 len=11  Clamp: score=80, len=12 temp= 60.5
                                                  GGCCGGCGTGccnatghtnaa -3'  Core: degen=48 len=11  Clamp: score=72, len=10 temp= 60.5
                                          GTCATGGTGGCCGGCrtnccnatght -3'  Core: degen=96 len=11  Clamp: score=71, len=15 temp= 60.6
               GGCAGGAGGGTGGCCntnaargayaa -3'  Core: degen=64 len=11  Clamp: score=57, len=15 temp= 61.2
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nothing isimpossible
10楼2012-09-02 14:09:47
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