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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】amber功能探讨
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】amber功能探讨

请问一下，amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂双层膜的体系啊？非常非常感谢大家可以参与讨论！
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科研就是讨论出来的
1楼2010-09-10 08:35:02
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-10 16:22:11
夏天的鱼(金币+2): 2010-09-10 20:10:03
额。。。上个帖子看到LZ了
问了满屏幕的问题
北大无机所应该用AMBER09 10
如果你认识或者你们导师认识
可以去询问下
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
2楼2010-09-10 16:20:08
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 风间的记忆 at 2010-09-10 16:20:08:
额。。。上个帖子看到LZ了
问了满屏幕的问题
北大无机所应该用AMBER09 10
如果你认识或者你们导师认识
可以去询问下

哦，谢谢你，不过还不认识啊，╮(╯▽╰)╭
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科研就是讨论出来的
3楼2010-09-10 20:11:01
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
夏天的鱼(金币+1): 2010-09-11 08:19:47
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-11 08:44:58
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-10 20:11:01:

哦，谢谢你，不过还不认识啊，╮(╯▽╰)╭

做跨膜体系的NAMD,DESMOND都可以，而且运算速度比AMBER要快，如果是新手，你可以尝试一下DESMOND
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4楼2010-09-10 22:56:52
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 22:56:52:

做跨膜体系的NAMD,DESMOND都可以，而且运算速度比AMBER要快，如果是新手，你可以尝试一下DESMOND

现如今实验室有的软件就是amber，所以很想知道amber在做这方面是怎么实现？
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科研就是讨论出来的
5楼2010-09-11 08:20:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
夏天的鱼(金币+1): 2010-09-11 08:59:54
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-11 09:16:36
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-09-11 08:20:35:

现如今实验室有的软件就是amber，所以很想知道amber在做这方面是怎么实现？

呵呵~那得多看相关的教程了~我是做球蛋白的，所以不涉及跨膜体系，只是看DESMOND的教程里提到特别注重跨膜蛋白的分子动力学模拟，同时，本版的Bay_gulf兄在NAMD对膜蛋白的构建上特别有心得，至于AMBER倒还真不知道。
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6楼2010-09-11 08:46:18
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-11 08:46:18:

呵呵~那得多看相关的教程了~我是做球蛋白的，所以不涉及跨膜体系，只是看DESMOND的教程里提到特别注重跨膜蛋白的分子动力学模拟，同时，本版的Bay_gulf兄在NAMD对膜蛋白的构建上特别有心得，至于AMBER倒还真不知 ...

哦，这样啊，呵呵，没事，同样谢谢你
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科研就是讨论出来的
7楼2010-09-11 09:00:24
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
wang shang xia zai
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8楼2010-09-21 15:14:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
夏天的鱼(金币+3): 2010-09-21 16:07:11
夏天的鱼(金币+3): 2010-09-21 16:07:26
zh1987hs(金币+5):专家出现了~呵呵 2010-09-21 16:17:32
只要有合适的力场, 比如amber, charmm 等
几乎是任何一款MD 软件都可以做的
amber 的确可以, 其他的软件也各有优劣
否则就不会有这么多MD 软件了

如果楼主所在的课题组有amber 使用经验的话, 用amber 是可以的
要是从头学的话, amber 并不是首选
主要是因为它的速度较慢, 而膜蛋白又是极耗费计算资源的课题
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9楼2010-09-21 15:23:30
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-09-21 15:23:30:
只要有合适的力场, 比如amber, charmm 等
几乎是任何一款MD 软件都可以做的
amber 的确可以, 其他的软件也各有优劣
否则就不会有这么多MD 软件了

如果楼主所在的课题组有amber 使用经验的话, 用amber 是可以 ...

现在主要要用amber啊，那个结构不知怎么构建，不过谢谢你！
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科研就是讨论出来的
10楼2010-09-21 16:06:53
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