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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样用dlpoly的gui构建大量甲烷分子(CH4) 已有2人参与

我开始是用lattice构建bcc结构512个C,然后再加氢。产生如下config结果:
C_3              1         6
-7.8943703032642905  7.6548811781989290 -7.0040122760844445
H_               2         1
-8.6065897190619440  8.3209219698371260 -7.5945486150466970
H_               3         1
-7.2906785220499180  7.0106108885452920 -7.7251724713004250
H_               4         1
-7.1861911193841800  8.3050059423975600 -6.3912969796419130
H_               5         1
-8.4940218525611750  6.9829859120157150 -6.3050310383487150
H_               6         1
-8.4785143923928400  1.9835946756877254 -6.3814953097847090
C_3              7         6
-7.8788628430959790  2.6554899418708960 -7.0804765475204330
H_               8         1
-7.1706836592158520  3.3056147060694863 -6.4677612510779070
...
这样虽然3D图是512个甲烷,但C和H在config中分布不是很规则。导致产生的field文件有很多个形式的力场,最终运算出NaN。
请哪位高手指点下。
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 13:01:01
引用回帖:
Originally posted by paladinlee at 2010-09-10 10:56:26:
不会MS。
原来一直用Fortran自己编程,现在老板叫我学dlpoly,没人带。一直都是自学,所以问题比较多。
请哪位大神指点一下!!
谢谢!

是不是你建立的盒子没有能量最小化?
好好学习,天天向上。
4楼2010-09-10 12:04:33
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你用MS的AC模块构筑CH4的盒子,然后自己写个小程序转化为DLPOLY的格式?
好好学习,天天向上。
2楼2010-09-10 10:16:49
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

不会MS。
原来一直用Fortran自己编程,现在老板叫我学dlpoly,没人带。一直都是自学,所以问题比较多。
请哪位大神指点一下!!
谢谢!
我是胖人,不是粗人
3楼2010-09-10 10:56:26
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

这个我知道的。已经能量最小化了。
不过还是谢谢你!
我是胖人,不是粗人
5楼2010-09-10 14:32:09
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