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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER已有3人参与

我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。
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1楼2010-08-18 15:43:46
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 18:20:24
asd1zxc(金币+1):谢谢了，能详细点吗 2010-08-18 19:52:39
还可以Energy Minimize一下~
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专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
2楼2010-08-18 16:01:28
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
^^
3楼2010-08-19 09:44:18
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
大家帮帮忙啦，小弟菜鸟，指导一下
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4楼2010-08-19 15:29:12
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2010-08-18 16:01:28:
还可以Energy Minimize一下~

请问用哪个protocol进行Energy Minimize啊，谢谢了，是不是prepare ligands啊？
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5楼2010-08-19 15:30:30
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
asd1zxc(金币+2): 2010-08-19 15:47:13
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-19 16:28:21
引用回帖:
Originally posted by asd1zxc at 2010-08-18 15:43:46:
我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-08-19 15:42:36
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-08-19 15:42:36:

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。

500-1000步优化怎么做？
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7楼2010-08-19 15:47:03
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ostril

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
asd1zxc(金币+5):非常感谢，你真是热心的人啊，这方面好多都不懂，一头雾水，大哥能介绍个好的学习方法吗，分子模拟论坛的人太少了，发了帖子都没人理 2010-08-19 22:55:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-20 14:58:00
其实画完后直接加立场就可以，在加力场同时就会加氢了，然后在simulation里有minimization,设置为2000步， 0.05步长优化一下，基本就可以了.
另外，活性位点的球半径要设置适合你的化合物，太小或者太大对于你最后的结果也是有影响的。 希望对你有点帮助。
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8楼2010-08-19 22:10:01
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ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-20 14:58:07
asd1zxc(金币+2): 2010-08-21 11:03:26
其实很多问题特别是比较初级的问题，你利用help里的手册都可以解决的。多练习多看help，相信你很快就可以脱离菜鸟行列
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9楼2010-08-20 14:46:26
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:16:56
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