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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER 已有3人参与

我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。
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1楼 2010-08-18 15:43:46
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
asd1zxc(金币+2): 2010-08-19 15:47:13
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-19 16:28:21
引用回帖:
Originally posted by asd1zxc at 2010-08-18 15:43:46:
我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-08-19 15:42:36
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 18:20:24
asd1zxc(金币+1):谢谢了，能详细点吗 2010-08-18 19:52:39
还可以Energy Minimize一下~
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专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
2楼2010-08-18 16:01:28
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
大家帮帮忙啦，小弟菜鸟，指导一下
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4楼2010-08-19 15:29:12
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asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2010-08-18 16:01:28:
还可以Energy Minimize一下~

请问用哪个protocol进行Energy Minimize啊，谢谢了，是不是prepare ligands啊？
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5楼2010-08-19 15:30:30
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